八年前，一个巨大的建设计划无视于景气状况、国库预算的窘迫，以及环保分子女的反对运动等等，硬是在风光明媚的观光区相武湾近海进行了造陆工程。这个俗称新五区的新相武市，是为了削弱本地龙头御堂财阀的势力，所以藉由从全国各地网罗而来的精英之睿智，使政府高层无理、无谋、无道地强迫通过的建设工程，所以这都市同时也代表着权力与利益的结晶。
以全国寥寥无几的大海水浴场之名广为人知的高滨海岸，在近海地带进行造陆所诞生的三日月岛、上弦岛、望月岛、十六夜岛和下弦岛这五个人工岛屿，以新月湾为中心围成环状。岛上盖了拥有高度竞争力的高科技产业公司，还有以素材研究为主，保存了基础建设知识资产的研究所，甚至还有专属顾问团及国际会议等设施。这里不仅是观光区，也是地方经济的核心。因此，原本只是首都圈腹地的相武市，摇身一变成为拥有国际竞争力的学术研究都市新相武市。这个建设计划的核心，就是正在进行创新、以数位化管理的免税商业地带三日月岛，以及身为产业界学界合作计划主角、保有各种设施与知识财富的学园都市十六夜岛。
当初建设这些人工岛屿的概念是为实现产业界学界合作计划而诞生的尖端科技研究圣地。如果加以检视，其实这个计划已经出现了意想不到的发展举例来说，就像在三日月岛的闹区中，因为近似非法占据而诞生的最新御宅族圣地新秋叶原之类虽然这样的意外不在少数，但是就现况来看，大致上应该还是依照着计划在发展。然后，位于建设计划中心地带的就是十六夜学院，以及管理、营运着学院的十六夜财团。
以十六夜岛为中心，总共有一所综合大学，三所专科大学，七所附属高中，三所附属中小学，一所附属幼稚园，以及众多的附属研究所。这个十六夜学院还拥有专属顾问团，是为了保存具有国竞争力的知识资产而设立的综合教育机关。虽然十六夜学院设立仅仅八年，却已经诞生了三位获得诺贝尔奖的学者，特别是科学技术系与经济学系的研究活动，根本令其他学院难以望其项背，因此这里也是日本屈指可数的知名教育机关。在七所附属高中里，光是位于十六夜岛的就有四所。其中唯一拥有综合多元教育课程的，就是十六夜学院附属高中中央校。跟十六夜学院的其他附属高中相比，是夸称教育水准最高的一所。在全国也是名列前茅的名门高中。这里的学生不光是成绩优秀，就连在运动或其他术科，都有良好的表现，而且多半是豪族世家的子女。
但是，这样的一所学院，有两个人足以称为名人代表虽然其中一个是好的代表，另一人是不好的代表不是来自精英家庭。其中一位是拥有掌握史上最强学生会的实力与领导魅力，连任了两届的学生会长中濑古舞。她有个与威风凛凛的外表以及高傲的性格截然不同的出身土地爆发户的独生女。
另外一个就是与她互为对照组，以恐怖的疯狂科学家恶名而轰动学院的麻烦制造者久我原桂一。他来自一般家庭，父母都是普通的地方公务员，却像突变一样生出这个奇特的少年。原本十六夜学院的学费就昂贵得吓人，绝对不是一个普遍地方公务员的儿子(而且还是从小到大不断制造麻烦，所以被断绝亲子关系而独自生活的少年)支付得起的。但是因为他有不少发明取得专利认证，这些收入除了支付生活费和学费，还有大量的剩余资金可以让他闲闲没事就成立一些机构。还不只是这样，对管理桂一发明认证的十六夜财团来说，他的存在就像一棵摇钱村。然而他在学院内所进行的各种诡谲活动，还有因此所引发各种可怕的麻烦，却每每让学院里的人不禁瞠目结舌。
学院当局总是摆出与我无关的姿态，所以校内唯一有权力阻止桂一暴行的，就只有学生会这个组织。而且，对中濑古舞这个冲动鲁莽的女孩所信奉的正义与良心来说，要放任桂一，让他继续给背负着财团野心与权力的学院，以及无辜学生带来无边混乱与困扰的话，这是绝对不能容许的事。
那么，面对这个为了自己的研究与征服世界，就算把灵魂卖给恶魔也不会有丝毫犹豫的疯狂科学家，拥有强大实行能力的学生会所进行的镇压到底达成了何种成效?或许就跟大部分人的想象一样，不管是对学生会，还是对一般学生来说，都不是个可以令人满意的结果。
举例来说，一年两个月前，因为要迎接一年级新生，学院内十分热闹。久我原桂一很快地就放弃了所有的既有社团（这也是理所当然的，不管大家怎么卖力邀请他，根本就不能有足以满足他特殊嗜好的社团)。让我来唤醒大家的回忆，说说他注意到茶道社时所发生的事吧!茶道社只有一位社员，这个社员就是在高中时代已经担任茶道教室的代理教师，茶道技术也获得高段认可的涟恋歌，依照规定，只要她还没退社，茶道社就会一直存续下去。但是桂一为了建立征服世界研究社，竟然要求茶道社让出活动室(而且他的理由还是铺了榻榻米的研究室是很好的崭新尝试)。结果恋歌不只是干脆地让出社团活动室，还更进一步加入征服世界研究社这件事情过后，学生之间就出现了有两个怪人成立了奇怪社团的传闻，学生会甚至把这件事视为征服世界研究社侵占茶道社，让这场闹剧瞬间变成悲剧。学生会的强制执行部队也曾经想要行使权力夺回茶道教室，但是到了现场，却发现茶道教室不知何时已经被桂一改造成基地。后来不知道是这个疯狂科学家驱使特异科技制造出的扭曲力场造成自毁，还是因为学生会副会长乱菊硬是拉开茶道教室的木格子门，使出长刀必杀技巽流长刀术奥义?青花鱼押寿司斩所产生的强大非科学高周波能量激射，因此让周遭的七间社团话动室陷人半毁或全毁的惨状
中濑古、藤堂二人带领的学生会才开始运作半个月，就订立了整合全校社团及同好会的规则，她们还接收了校内非法设立的餐饮店，并且重新划分营业组织。就是有这么强势的政策，才会产生完美无瑕的最强学生会的传说。然而，自从彻底颠覆了学生会威信的征服世界研究社侵占茶道社事件以来，仅有两名社员的征服世界研究社，就成为学生会唯一且最大的敌人。之后的一年多，以校园为舞台所发生的多次抗争中，学生会总是拿征服世界研究社莫可奈何，在学生之间也因此传出学生会没有认真对抗，导致灾害大幅增加之类的冷嘲热讽。基于以上事件，深受不负责任等批评的学生会会长舞。还有担任她左右手的副会长乱菊，虽然非常不能接受，但是客观地就事实来研判，也不得不承认这样的批评确实有道理。
征服世界?随便让他们去玩就好了，反正也没有人会觉得他们真的可以征服世界吧，这没什么大不了的。
一般学生对这个社团的想法，多半也是八九不离十。如果要说她们不负责任，确实是有点不负责任，但还是得先对久我原桂一这个少年有些认识才能理解。就好比说，台风并不是为了给人带来灾害才到处肆虐的。若要说狂风暴雨有何目的，应该只是要释放出自身强大的能量吧，只不过是释放得过了头。想要征服世界的少年，其实也跟这种天灾很类似。因为他只会暂时热中于眼前的事，没过多