二〇九六年七月二日，传来了一个震撼第一高中学生会的消息。是九校战──「全国魔法科高中亲善魔法竞技大会」竞赛项目大幅变更的通知。本届采用了对于选手来说风险较高，军事色彩强烈的竞赛项目，这是魔法师活跃的横滨事变造成的影响。
然而在台面下，却有与魔法兵器研发相关的阴谋正在进行。从神秘电子邮件得知这件事的达也，经过调查得知了两件事。其一是利用寄生物的禁忌人型兵器「寄生人偶」，其二是以九校战新项目「越野障碍赛跑」为舞台的寄生人偶运用试验计画。
这项试验计画以参加「越野障碍赛跑」的魔法科高中生当成新兵器的白老鼠，是危险又不人道的试验计画。达也一边以第一高中技术人员的身分参加九校战，一边采取行动阻止这项计画。
在各种鬼胎与阴谋交错之中，达也在举办「越野障碍赛跑」的富士人工树海和十六具寄生人偶对决，即使数度负伤，依然悉数打倒。
然而，二〇九六年八月在富士山麓展开的战斗并非只有这场。在谋略与斗争的台面上，魔法科高中生们今年也为了夺得九校战优胜的荣冠，进行著运用魔法的激战。而且，除此之外也存在著其他争战……
以下为各位介绍魔法科高中生们战斗记录的片段。