九月下旬，二〇九六年全国高中生魔法学论文竞赛将近时的某个星期日，黑羽双胞胎造访达也。他们带来四叶家当家四叶真夜的一封信，信件内容是「协助逮捕从横滨逃亡的周公瑾」。这次居然不是「命令」，而是「委托」？达也虽然对此感到疑惑，依然造访根据地设于奈良的九岛家，寻找逃到京都、奈良地区的周公瑾下落。达也他们在那里遇见和深雪拥有同等美貌的少年魔法师──九岛光宣。
在光宣的带领之下，达也等人开始寻找藏匿周公瑾的古式魔法师集团「传统派」的根据地，但传统派的古式魔法师与大陆的道士却挡住他们的去路。另一方面，七草家当家七草弘一为了抹灭他和周公瑾串通的事实，命令心腹名仓暗杀周公瑾。周公瑾和名仓在京都的桂川河畔血战，最后是名仓落败。
突然收到随扈噩耗的真由美，为了查明真相而展开行动。