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指的是调制生药时，对药材所进行的处理。有时也指给药材除虫，促进药材干燥，药效的增强•变化、以及毒性弱化等处理。
药种运
由于内药司并没有自己直辖的药园，于是把药材的供给全权托付给了典药寮，而药种运则是负责供给给内药司的药材的甄选与搬运工作。有许多熟练的药师们会定期仔细甄选供给给内药司的药材。
注：
1 医得业生：是指在古代日本的律令制中，隶属于宫内省的典药寮，接受国家资助而从事医学研修的人。
2 典药头：典药寮的寮长、即最高负责人，被称为典药头。【头】是【四等官】中的一种。
3 別当：古代日本律令制中，正式官职和其他官司职务的全体统括。本书中，施药院的医官分为別当、院使、判官、主典等。
4 属：【属】和【头】同为【四等官】中的一种，是政府机构的管理职。
5 太政官：【太政官】是朝廷中主管行政最上位的机关，与主管祭祀的【神祇官】合称【二官】。其中官职自上而下分为【太政大臣】、【左右大臣】、【大纳言】等。
6 律令国家：采用从中国传入日本的中央集权制度【律令制】的国家。
7 内药正：内药司的长官。【正】和【属】、【头】同为【四等官】中的一种。
8 弹正台：律令制下的行政监察部门，弹正尹是其长官。【尹】也是四等官中的一种。
9 助乡：日本古代的一种劳役制度，政府向村落召集人手和马匹充当徭役。这些提供徭役村子被称为助乡村。
10 问屋场：是日本古代各街道供人和马休息的场所（类似于中国古代的驿站），并且代表幕府对助乡行使征税和徭役的权利。
11 现人神：指【以人的姿态出现于世间的神】。在过去的日本神道文化中，天皇就被认为是现人神。
12 检非违使：是日本天皇为了强化中央集权而设立的官职，所谓【非违】，就是不正确，不合法，检非违使就是天皇专门设立的直属自己的官职名。因为是律令制规定外另新设置的，所以叫做【令外官】。