sp;救生船上，新园真织看向四方。远处隐约有岛屿。这里应该是千叶县附近海域。本以为很快就会有船只前来，但在无线电与GPS都失效的现状下恐怕并不现实。结果在水源与食物短缺的情况下，夜晚已经到来。
太阳虽已西沉，世界却并未沉入黑暗。空中闪耀粉色光芒的光带像有生命的窗帘一般波动摇曳。这是极光。作为太阳耀斑的第三阶段、招致最大灾害的日冕物质抛射终于抵达地球。太阳周边的等离子体被磁场的小钢珠击飞，然后以迅猛的速度向地球倾注而下。这些通常情况下本应被地球磁场所拦截而只落于南北两极的等离子体，此时挣脱了磁场束缚，到达全世界每个角落。等离子体与大气中的电子相撞而形成光。同时，地球的磁场被严重扰乱。磁力线如酒醉发作的八歧大蛇般暴乱不止。这就是地磁风暴。变动的磁场让全世界所有电线和电器制品产生过剩的感应电流，最后造成短路。这时，全世界的都市都被黑暗所包围。
医院的人工呼吸机停止工作，患者在无比苦闷中死去。交通信号灯也停止了，有行人被车撞倒，在痛苦中流血而死。不过最糟糕的事态发生在核电厂。在内部的冷却装置已经瘫痪、也无法从外部进行任何救援的状况下，全世界的核电厂接连发生堆芯融化。在通信断绝的当下，连向周边居民迅速发布警告都无法实现。由于无法在初期遏制住火情，核反应堆持续燃烧，不断释放出辐射能。在这一片混乱之中，无数人失去了生命。
面临如此巨大的灾害，新园真织依然存活了下来。她到底是靠什么活下来的？可说全靠她的执着。是对古月美香的执着拯救了她。不知是幸运还是体质的原因，早发性辐射病的症状并未在她身上出现。然而，她的身体却有着癌化的可能。
人类文明也存活了下来。不知是靠执着还是什么，总之文明得以存续。对于幸存者们而言，等待他们的是一个残酷的世界。未经处理的核电厂飞散出辐射。因太阳耀斑放出的粒子辐射而产生的氮氧化物破坏了臭氧层，致使引起皮肤癌的紫外线完全通过。由于电离层受到加热，大气对流加快，导致异常气象频繁发生。全球温室效应也随之加剧。这并非全赖太阳磁场增强之故，而是因为阻止了银河中交错飞舞的宇宙射线进入地球。宇宙射线与地球大气碰撞后即产生云粒。宇宙射线进入越多，产生云量就越多，反射阳光后造成全球变冷；反之银河宇宙射线越少，云量就越少，从而加剧全球变暖。
太阳观测卫星因电磁波而故障，所以也无法获取太阳耀斑的数据。太阳黑子的数量并未减少，可见下一波太阳耀斑随时可能爆发，迅速发射卫星已迫在眉睫。然而直到基础整备完毕为止，人类足足花了五年时间。
根据卫星观测结果，人类得知了一项惊恐的事实。巨大规模的超级耀斑别说完结，现在也仍在活跃。自五年前的耀斑袭击以来，虽然地球此后没有再遭直击，但事实上，以历史观测都无法考量的大规模耀斑正在频繁爆发之中。如今的太阳竟剧变为一颗极不安定的恒星。对于这个不可思议的事实，人类完全不得其解。从引发超级耀斑的原因这个角度考虑的话，只能设想是出现了靠近太阳的天体之故。是这个天体与太阳的磁场交错混合而产生的能量引起了耀斑。一时之间流传太阳附近存有流浪行星或者矮星等低亮度天体的言论甚嚣尘上，但之后就被彻底的观测结果所否定。然而，观测揭明了更加奇妙的事实。通过探测太阳附近的等离子体，可以追寻到磁力线的动向。结果发现，磁力线如同被虚空吞没般在半截被切断了。被切断的磁力线像风筝线一样摇曳不止、互相缠绕。这在现代物理学上是不可能的。按常理，磁力线一定是由N极出来后进入S极。观测显示出的唯一的可能性只有磁单极子（magnetic monopole）。可能是只有S极或N极的粒子位于太阳磁力线的一端。根据现代物理学通说，磁单极子仅发生在宇宙初期的暴胀（inflation）阶段，而且即使发生，也会因宇宙膨胀而扩散远播、其存在本应非常稀有。然而，现在的观测结果就是这样。结论只能认为是太阳周围大量存在的磁单极子引发了太阳耀斑。不知不觉间，该现象已被冠以<磁单极子·超级耀斑>之名。
人类的生死存亡，如今就取决于<磁单极子·超级耀斑>直击地球与否。对于眼下臭氧层已被破坏的地球而言，若受到第二次直击，到时不止对人类、对地上所有生命都将是一次大灭绝。人类必须尽快找到对策。
人们激起喧嚣异常的大讨论。包括从通过造成黄石超级火山群喷发、以喷发形成的悬浮颗粒来保护地球的大规模方案，到免费分发帽子的小规模计划，抑或是通过操作人类遗传因子促使人类进化为水生人类这样标新立异的方案等在内，共有761项方案作为候补被一一列举。人类最终实行的，是遗传工程学与宇宙工程学的组合方案。
计划的关键，在于以遗传工程学生成的耐受辐射和紫外线、并能将其作为能源的共生细菌。耐受辐射的遗传因子来自于切尔诺贝利核电厂周边发现的菌类生物。该类生物可以对同一遗传因子进行大量复制，当细胞遭受辐射损害时，其通过抽取复制的大量遗传因子中作为最大公约数的遗传信息以进行对应。同时，该生物也可以吸收辐射作为能源。防御紫外线的方案，源自于赤道地区的虾蛄。为应对赤道地区强烈的紫外线，虾蛄的细胞内部含有用于吸收紫外线的滤光器。而且，人类对植物所含的叶绿体遗传因子进行改良，将原本无法吸收波长较短的紫外线的叶绿体改造为能够吸收紫外线。将以上三种遗传因子组合而成的，正是所谓<新工具>（Novum Organum）。<新工具>为一种共生细菌，性质接近线粒体和叶绿体，作为高等生物的细胞内小器官进行运作。之后，该名称的含义有所扩张，与<新工具>共生的高等生物本身也被称为<新工具>。
计划进入下一阶段。接着，是把大量卫星排布在地球轨道上，作为<新工具>的巢穴。作为该阶段中心的，是依附碳纳米管进行吐丝的蜘蛛和如同植物般在卫星地面绽放的水母。水母像年轮般一圈圈向外侧生长，内侧则逐渐硬化。蜘蛛就栖息在水母内部，以抵御恶劣的真空环境。它们通过支撑的碳纳米管向地球吐出丝线。宛如芥川龙之介笔下的蜘蛛丝般将卫星与地球相连。以连接的丝线作为支杆，无数丝线以放射状向外伸展，构成了一种以水母为支撑的空中生态系统。这正是为了替代失去的臭氧层，而以水母·蜘蛛共同体来抵御紫外线的计划。不管怎样，这也不是完全令人放心的计划。把生死交予遗传改造生物，人类也无地自容。然而，这是无可奈何。因<磁单极子·超级耀斑>而损失惨重的人类预算有限，像制造空中巨盾这样大规模的工程毫无可能。做到投入自我复制生物进行抵御已是极限。除此之外，就只能给每个人免费配备帽子而已。
就此，<新工具>计划正式启动。进行之中，人类发现一件奇妙的事实。在<磁单极子·超