古月美香死后五年，人类社会面临深刻危机。
征兆出现在太阳。在太阳表面如痘痕般的黑子数量急剧增加。
所谓黑子，是自太阳内部放出的磁力线的痕迹。太阳虽与地球同样携带磁场，但由于其为气体构成、随着自转流动不息，故磁力线的分布错综复杂。与地球北极为N极、南极为S极的整齐分布不同，太阳的磁力线如迷宫般交错缭乱，在星球内外蔓延爬布。当磁力线从太阳内部向外放出之时即产生黑子。黑子的大量增加意味着太阳的磁场活动现已进入活跃期。
缭乱的磁力线不知何时互相交会。此时会发生什么呢？此时交会的磁力线融合为一，变成新的磁力线。新磁力线被抛向太阳表面，随后引起剧烈爆发。这就是太阳耀斑（太阳フレア）。同时，来到表层上部的磁力线在行将终结之际，遗留下了大量能量。这些能量变换为周围等离子体的动能，然后如同柏青哥的小钢珠一般以极速向外抛出。这就是日冕物质抛射（CME）。
太阳耀斑本非罕见。此时抛射出的等离子体与地球大气层相冲击，就会形成极光。然而这次所产生的太阳耀斑规模却大得异常。突如其来、毫无前兆，接近通常情况万倍以上的超级耀斑就这样发生了。
太阳耀斑的破坏由三阶段构成。从X射线和紫外线等电磁波到粒子辐射，再到等离子体形成的日冕物质抛射。以光速行进的电磁波首先抵达地球。这些高能电磁波将构成电离层的原子所带电子喷出。因饱和电子吸收掉短波，地球上所有无线电设备都将陷入瘫痪。
此时，新园真织正为出席国际再生医疗学会而搭乘前往美国的飞机。从成田机场出发后三十分钟，飞机已平稳进入平流层。正在新园真织读着论文有点犯困之际，驾驶舱里突然陷入慌乱。是航班与航空管制中心的无线电通信中断了。同时，空中防撞系统（TCAS）也已无效。全世界的机场都引发了巨大混乱。因空中和机场跑道碰撞事故造成无数火海。毕竟大型喷气式飞机与复叶式飞机不同，是无法仅靠肉眼进行操作的。
“各位乘客，我是机长。因机器故障，本机将返回成田国际机场。事属紧急，非常抱歉。”
听到广播，乘客们吵嚷起来。四周的紧张气氛让新园真织也清晰可见。不过还没有引起大的混乱。至少此时还有片刻安稳。
就在喷气式飞机在空中大幅度掉转，准备返回成田机场之时，太阳放出的大量粒子辐射也到达地球。虽然地表有大气作为屏障而未遭影响，对于平流层的飞机上的乘员而言却是完全暴露在辐射之下。
“请问各位乘客中有医生吗？”
乘务员大声询问。
“我是，不过还在实习。”
新园真织举起了手。
“请来这边。”
乘务员带入驾驶舱。有位身着制服的女性不断呕吐着。呕吐物中混杂着血液。
“这位是机长，她突然身体不适的样子……”
乘务员说明之际，落单的副驾驶员正紧张操纵中。
“您患有什么疾病吗？”
机长痛苦地摇头。如果不是患病，到底是什么原因呢……
“不好了！乘客他们！”
另一乘务员脸色苍白地跑了过来。好像是客舱的乘客们纷纷倒下。并发症状有呕吐、腹泻、脱发等。
“真的！？那不就是……不就是急性辐射病（ARD）的症状吗！”
新园真织不觉叫出声来。
“辐射病！！”
驾驶舱全员震惊不已。
更加震惊的陆续有来。随着阵阵轰鸣，飞机机身大幅倾斜。是被雷电直击了。而且雷电是从上方而来。通常而言，雷电发生在云层中，如今云层明明是在飞机下方。而这次的雷击来自平流层之上的电离层。受太阳耀斑放出的X射线和紫外线影响，电离层被加热后发生大规模对流，高电子密度的电离层与地磁相互作用下便产生电流。
“你在干什么呢！要好好驾驶啊！”
新园真织激励着副驾驶员。
“那个……机器，机器好像出问题了……”
似乎还是新人的年轻驾驶员已有些慌乱了。
“喂说笑的吧！？”
“即将进行紧急水面降落……请回到座位上……”
新园真织回到位上。通道已被呕吐和腹泻的污物搞得粘稠脏乱。世界各地的驾驶员都因辐射病而呕吐下泻，导致航行中的飞机纷纷坠落。战斗机和轰炸机也未免此难，其上搭载的核弹陨落地表更带来了放射性污染。国际空间站的航天员们，此时已集体殒命。
飞机在高速下降中，她感到有些失重。已经看到水面了。飞机的倒影渐渐变大，随后激起波浪，开始水上降落。
此时浮现于新园真织脑中的，不是担心溺亡或者辐射，而是古月美香。古月美香的大脑现在虽还在医院的地下，用液氮冷冻后精心保管着，一旦自己葬命于此，恐怕不久后就会被当作垃圾处理掉吧。自己绝对还不可以死，无论如何，都一定要存活下去。
“快啊！快逃啊！要沉了！就要沉了！”呼吁逃生的副驾驶员已经陷入恐慌。冷水从机身舱口喷涌而入。害怕就这样溺死的乘客们开始慌乱，机舱内飞舞着乘客们因过于亢奋而喷出的沾满血液的呕吐物。新园真织一边用手挡开喷向脸上的呕吐物，一边滑出机身舱口。她死死抓住了水面上充气成救生船的紧急逃生装置。
飞机开始沉没。一半的乘客尚未逃出，水也灌入机舱内部，整个机身产生倾斜。要是被波及就全完了，救生船连忙与机身脱离。
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