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1998年7月9日
警方封锁部分森林，并考虑派遣特别对策部队S.T.A.R.S.进入山区。至7月中旬，实验体销毁工厂已无法处理数量巨大的尸体，工人们因此被迫暴露在病毒之下工作，部分员工开始呈现被感染症状。同时，安布雷拉公共卫生部常务理事接到总部特别委员会的灾害传真，委员会认为浣熊地区病毒泄露事故可能已经无法控制，该委员会决定严守秘密实验，并防止S.T.A.R.S.bravo小组和州警介入。
1998年7月22日
合众国海军特种部队少尉比利·科恩（BillyCoen）因被指控在一年前非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由arklay山区押送至lexson基地执行。数小时后，押送车辆在arklay山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利下落不明。
1998年7月22日
为了避免机密外泄，因此安布雷拉隐藏了情报，企图私下解决此一事件。同时为了进行b.o.w的实战能力测验，便透过安布雷拉干部威斯卡的安排，引诱S.T.A.R.S.部队进入灾害地区。
1998年7月23日
马库斯博士的复仇计划开始，20点，他指挥水蛭袭击了安布雷拉途经arklay山区的列车。
2小时后
浣熊市警局特殊部队S.T.A.R.S.的bravo小队，乘坐直升机出动前往arklay山区进行调查。生化危机0故事开始
7月24日
S.T.A.R.S——bravo小队失去联络已达24小时，威斯克以支援bravo小队为由，率领alpha小队进入arklay山区计划通过alpha小队的实战收集各种b.o.w数据。生化危机故事开始
1998年9月29日
以优异成绩毕业的警官里昂和为了寻找哥哥的下落的克里斯的妹妹克莱尔来到浣熊市。生化危机2故事开始
吉儿此时正被追踪者（TYRANT-203型化学武器）追杀，并遇到安布雷拉公司的生化危机特别应变部队的卡洛斯（carlosoliveira）队长，幸存人员还有米克鲁（MichaelVictor）45岁，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队队长。过去曾任KGB（克格勃，全称为“苏联国家安全委员会”，类似美国的CIA）组织的领导人。烈哥拉（NicholaiGinovaef）35岁，U.B.C.S.士兵，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队b分队的佣兵。生化危机3故事开始
进入浣熊市的美军在与生化怪物的战斗中遭受严重损失，最后在实验体销毁工厂消灭五具TYRANT之后匆忙撤退，并于10月初投放核弹毁灭整个浣熊市，10万人在此役中死亡。史称浣熊市生化危机事件。
原先已确认死亡的艾达，在投靠至H.C.F.的前任S.T.A.R.S.队长威斯克的救助下复活，威斯克从威廉身上得到“G病毒”，艾达在暗中给予里昂和克莱尔协助之后，与威斯克一起逃出浣熊市。
整个事件公开后，美国政府颁布了一条法令，无限期禁止安布雷拉的一切商业活动，导致安布雷拉最终破产。
1998年10月中旬
美国中央情报局和里昂取得连系，以雪莉与里昂的性命作要胁，迫使里昂接受了情报局所交付的秘密任务。目前里昂暂时待在cia工作并进行调查，但是cia是否有其它目的并不明朗。此后不久里昂参加了特种部队的训练。
1998年11月22日
宾赛德将“T病毒”散播到席那岛的街道上，并且伪装成发生意外事故。枪下游魂故事开始
1998年12月12日
为了寻找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克莱尔遭到逮捕并送往位于南太平洋的洛克福特岛(Rockfort)军事训练所监禁，生化危机：代号维罗尼卡故事开始
此前数年
萨拉萨尔第八代城主拉蒙老萨拉萨尔（Sr.RamonSalazar）出于对LosIlluminados现任教主萨德勒(OsmundSaddler)的狂热信奉将LasPlagas重新挖掘了出来并重新开始研究。
2002年
和里昂一同进行特工训练的战友克劳萨（JackKrauser）。在一次直升飞机事故中丧生，实际上却借此隐藏行踪投靠威斯克。
2004年
萨德勒的研究员路易斯·塞纳（LuisSera）发现了教主的野心并意识到自己的力量已不足以脱离这个阴谋。他向大学同学后来进入安布雷拉的约翰发了封求救E-mail说明自己的情况，然而这封邮件却落入了表面上和威斯克共同工作的约翰前女友艾达手中。
于是，同样为威斯克手下的克劳萨为了取得萨德勒的信任为他绑架来了美国总统的女儿阿什莉·格雷厄姆（AshleyGraham）。此后，完成了特工训练并已经成为总统保镖的里昂受命来到西班牙营救总统千金，同时，为了协助克劳撒工作威斯克也将艾达派遣到了此地。其后利昂重遇了艾达，他在《生化危机2》后已经得知艾达是威斯克（AlbertWesker）派来的间谍，所以他对艾达的再次出现充满怀疑，但被艾达逃去。里昂始终很关心这个埋藏在心中的女子。阿什莉被萨拉扎捉了去送到遥远的有军事设施后，里昂击倒了萨拉扎后再次遇上艾达，艾达询问里昂需不需要送他一程，里昂以尴尬的表情回答。
里昂在孤岛上重遇据报在两年前直升机失事死亡的战友杰克·克劳萨。原本他是安布雷拉公司的威斯克派了来到这里做卧底。
里昂成功抢救了阿什莉并且逃脱。但是，艾达成功夺取了LasPlagas样品，可能使