吉儿被成功治愈。另一方面，经美国议会及总统共同商议，决定将对浣熊市进行灭菌作战；
10月1日近6时，吉儿与卡洛斯乘坐赶来救援的原S.T.A.R.S.成员巴瑞驾驶的直升机成功逃脱。几乎与此同时，美军的核弹夷平了整个浣熊市……
1998年
12月，克莱尔潜入安布雷拉巴黎研究所调查未遂结果被俘，之后被押送至洛克福特岛刑务所监禁；
此后不久，威斯克率领部队对洛克福特岛展开攻击，并人为散布病毒引发生化危机事件；
克莱尔脱离监狱后初遇史蒂夫·巴恩塞德，后来得知史蒂夫的父亲身为安布雷拉员工却暗地倒卖公司机密，事发后，史蒂夫与其父一同被抓获并监禁，其母则在抓捕中当场死亡；
克莱尔发送E-mail向已开始为国家效力的里昂求救，希望他能通知克里斯，里昂随即于第一时间将此消息转告克里斯；
克莱尔初遇亚西福特家族第七代当主阿尔弗雷德；
吉儿抵达克里斯在欧洲的住所，但此时克里斯已前往洛克福特岛；
当克里斯赶到洛克福特岛时，克莱尔与史蒂夫已经乘坐飞机去了南极，扑了个空的克里斯却意外与威斯克再度相遇；
在南极研究所中，阿尔弗雷德解除冬眠装置后死亡。同时，阿莱克西亚从长达15年的冬眠中苏醒，并对克莱尔与史蒂夫发动了袭击；
克莱尔与随后赶来的克里斯重逢。另一方面，史蒂夫被阿莱克西亚注射了t-维罗尼卡病毒；
变异后的史蒂夫为救克莱尔被阿莱克西亚攻击后死亡；
克里斯成功消灭阿莱克西亚，并驾驶战斗机与克莱尔一同逃离。南极基地被彻底毁灭；
威斯克带走史蒂夫的尸体，并从其体内回收了T-维罗妮卡病毒……
欧洲中世纪
位于西班牙某地的萨拉萨尔家族城堡附近，一个名叫LosIlluminados的邪教利用寄生虫LasPlagas进行秘密的宗教活动。此后萨拉萨尔家族第一代城主攫取了邪教的统治权并将寄生虫全部深埋在城堡附近的地底。
1960年
声名显赫的亚西福特家族（ashford）第六代继承人爱德华.亚西福特（edwardashford）和年轻贵族奥斯威尔.e.斯宾塞(oswellspenser)发现始祖病毒，始祖病毒母体样本诞生。
1963年
斯宾塞在美国西部浣熊市的arklay山区建造了内部构造复杂，机关重重的洋馆，1967年秋洋馆完工。为了独掌洋馆的构造和秘密，斯宾塞以答谢设计师花费5年的时间设计建造，特地邀请其全家来度假为借口，于1967年11月10日将特利博尔的妻子杰西卡(jessica)女儿莉莎(lisa)骗入洋馆，并被立即分别植入始祖病毒变异体type-a型与type-b型，成为第一例活体实验对象。11月13日，特利博尔被胁持至羊馆，遭到软禁。
11月16日，杰西卡因与病毒type-a型融合失败而遭受废弃处理，而莉莎成功与病毒type-b型融合，但却失去理智，并且袭击供应饮食的女研究员，剥下她的脸皮，套在自己的脸上。11月27日，特利博尔从被囚禁的密室里逃出，开始寻找妻女的下落与逃离洋馆的方法，当他发现洋馆的实际构造与他原本设计的不完全一样而无法逃出去时，于11月31日在绝望中死去。
1971年
爱德华·亚西福特去世。他的儿子亚力山大·亚西福特(alexander.ashford)为了复兴家族，在1970年建造了南极研究所，转而进行遗传基因方面的研究。为了重振家业，他提取了家族创始人维罗妮卡·亚西福特(veronica.ashford)的基因，通过人工受精的方式制造出阿尔弗雷得·亚西福特(alfred.ashford)和阿莱西亚·亚西福特(alexia.ashford)兄妹，寄希望于培养出智力超常的后代。
此后几年
安布雷拉在世界各地陆续开始建造秘密研究所，进行基于始祖病毒和“T病毒”的各种b.o.w.（生化兵器）的开发。公司董事马库斯于1976年出任浣熊地区arklay研究所以及新建干部养成所的负责人。此前他一直秘密的独自开发新病毒，受到斯宾塞邀请担任arklay研究所兼干部养成所的所长，这正好给了他一个不受干扰的环境来进行病毒的研究。此后，斯宾塞表面上只允许病毒做赚钱的工具，而暗地里却关注着马库斯研究进程。
1977年9月19日
在干部养成所，新病毒的研究终于有了成果，在将病毒与水蛭dna结合中，达到了马库斯所期望的突破，病毒被取名为“T病毒”（取自TYRANT的第一个字母）。为了能更完善病毒，马库斯决定放弃啮齿动物类作为研究体，改用象人类这样的哺乳类动物，必要时就以人作为实验体
1978年6月3日
马库斯在病毒研究中被闯进来的士兵开枪打死。临死前在微睁的双眼中看清了威廉.帕肯和威斯克正站在他的面前。马库斯的尸体没有被处理掉，而是就地放入水池中并冲入下水道，另人意想不到的是水蛭女王的病毒救了他，马库斯在不为人知的情况以十年的时间死而复生，成为一个与水蛭结合的生物体。
1978年7月31号
两个对事件产生重要影响的人物来到arklay研究所，18岁的全才阿尔贝特.威斯克和16岁的天才威廉·帕肯从关闭的干部培训所转来担任主研究员。在除掉马库斯后，威廉·帕肯和威斯克即开始接管T病毒的研究。那个11年前的女性实验体，一直沉睡在arklay研究所，而威廉.帕肯和威斯克就将在“它”的体内进行各种T病毒的实验。
1981年7月27日