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「除了这件事外，还有什么我趁现在知道会比较好的事，对吧？」
「哎呀，你观察力很好呢。」
『妈妈消失到另一边了。』
当超级EVA与真嗣获得心脏复活之际，他是这么说的。
──看来这个人不惜特地跑回来做的工作已经完成了吧……
明日香踩着的书桌桌脚「咯嗒咯嗒」地响着。
她以几乎要摔进插入拴里的姿势朝内部探出身子，没注意到在冬二身旁的零No.珊克身影。
──算了，即使提起也只会把事情复杂化呢。
零No.珊克的死亡让明日香感到非常内疚
眼前穿着裙子踮脚站在桌面上的她，看似相当开心地扭腰摆臀。
『会发生什么事吧。』
尽管不知道是什么事，却让人兴奋不已。班上同学们也隐约怀着期待。
其他班级的学生们同样由教室的前后门涌来，等着看究竟会发生什么事。
「欢迎回来，明日香。」
真嗣在中央控制台上输入自主启动的指令，一面说道。
「干嘛啦……突然这么说？」糟糕，有点被偷袭到了。
明日香将胸部压在舱口的耐压油封圈上，盘起双手把身体探进去。
真嗣碰触着她从肩膀流泻而下的秀发。
「毕竟好久不见了。你记得成为整合体时的事情吗？」
他之所以这么问，是因为那段期间的她对周遭事物的反应老实得让人怀疑「该不会是其他人格吧？」
「嗯～」明日香将脸颊抵在右肩上……
「该怎么说才好呢？得看你是怎么理解的。我最近觉得那跟『记得』不太一样。」
独力自月球的武装侦察归来的明日香，为了在涌入的庞大生命情报当中保护人格（个性）而与贰号机融合的状态，被称作明日香EVA整合体或是Crimson A1。
「详细的过程一点都没记住。照理说人类是借由连续的过程产生记忆的吧？然而我明明不记得过程，对周遭事物感到非常模糊，却莫名地将所通过的道路，以及自己前往的方向记得很清楚。」
由于巨人遗忘了能传达意志，也能隐瞒真心的〈言语〉，甚至将扮演人类的关系性与自尊全都舍弃，是以它们想必无法感受到琐碎的事情。最原始纯粹的个性却确实留在了上头。
亦即所谓的奔放感。
正是因为接触到这样的个性，人们才会接受那个巨人是明日香的这件事。
「会觉得那边比较好吗？」
见真嗣这样开玩笑，明日香露出最棒的笑容。
「才不会让你这么说，给我看着吧──好啦，你快呼唤自己的身体吧！」
「OK。」
──我回来了呢……明日香总算对这件事有了实感。
令人惊讶的事情发生了。理应无法以备用电源启动的虚拟显示器陆续开启，溢出舱口的光芒舞动在教室的天花板上。「哇喔！」周围的学生们之所以大叫起来，是因为插入拴表面也快速流动起奇妙的光。
「大、大家快退后！这个规格不……！」
「咚！」像是被顶起来般地纵向摇晃。
就连设计为减震结构的指挥所区域也有着些许晃动。「是地震吗？」
小睡了三十分钟的美里走上指挥甲板，一面心想「又是黄泉比良坂的余震？」看向环境显示器的显示讯息。然而周边地区并没有地震。
紧接着，AI响起警报。
正吸着软管包装食品的青叶连忙贴在控制台上。
「地下旧中央核心区遗迹出现大型质量！对象是推定三五○○吨的动体！AI判定为敌对巨人的可能性大！」
「突然被侵入到地下了？快去确认！紧急召集驾驶员，待准备完毕后就将朗基努斯之枪移送到基地外！」
尽管美里下了指示。然而如今阿尔玛洛斯已经不在，对象到底会是谁？
「莫非是昨晚的怪物？」
「难道不是零No.卡特尔与加持先生的EVA突变体吗？」
指挥所的工作人员们因为突如其然的紧张局面而忍不住私语起来。像是要制止他们说话般，日向以扬声器向众人说道。
「请等一下，收到IFF(敌我识别器)！那是超级EVA……不，是直到三年前的本部战为止所使用的初号机辨识码。」
最早冲向旧中央核心区遗迹的人其实是摩耶。
她是为了亲眼目睹──被挖出球面的巨大地下空间。在本部战时，莉莉斯于空间中心产生的漆黑的时间停滞球将本部建筑与周边设施一齐吞没。当时的所长碇源堂与赤城律子博士等NERV工作人员，以及部分侵入的战自特种部队人员，共计十几名人员在那个不可知、不可侵攻的黑色巨蛋里下落不明。
那是三年前发生的事。那颗黑色巨蛋在不久前被黑色巨人阿尔玛洛斯给抢走了。