圭在这时提议兵分两路进行调查，他负责理学研究所的秘密，英理子负责到珠闲留TV调查望龙千鹤。这时如果玩者先前选择了圭的话，舞耶四人便会和圭一起去调查理学研究所。相反如果选择英理子的话，舞耶四人便会和英理子一起去珠闲留TV找望龙千鹤。决定了行动之后，一位好像圭的管家走到舞耶面前，这位叫松冈的男人以不客气的说话，表明立场不希望圭进行调查，并且说明舞耶她们的行动和南田集团无关。听罢这人的说话后，舞耶并没有理会他，而且还马上展开调查行动。
第九章（南田圭篇）
JOKER的人体实验离开酒店后的舞耶等人，来到理学研究所。不过由于守卫森严的关系，众人无法进入研究所之内。圭建议众人经由附近的「下水处理设施」进入，那里除了可以通到研究所的地下停车场之外，设施中的守卫也比较薄弱。当舞耶等人进入下水处理设施之后，圭向众人解释这里的保安系统。设施之内会分成A和B两条通道，各通道由三个部份组成。因为保安的理由，所以各部份也会设计成迷宫一样，并且每隔一定时间，便会排出大量的水来防止入侵者。因此每进入了各部份之后，必定要在10分钟内找到出口，而且不能走回之前的入口。由于这两条通道的门，也是由这里的第一和第二制御室控制，因此需要留下两个人在制御操作开关。克哉问圭为何会这么清楚这里的保安系统，圭很惭愧地说这里的一切资金，全部也是由他家族财团对须藤龙藏的政治献金，但是并不知道他的用途。PAOFU问他这样做对他有没有问题，圭说只是按自己相信的路走，PAOFU也不禁称赞他。
就在众人要决定谁留下来的时候，他们背后传来「交给我们」的声音。原来声音的主人是神取鹰久的同母异父兄弟，有「身番长」（番长的中文意思是指国中和高中不良少年的老大）之称的城户玲司，他的身后还有好友村园麻希。他们与圭和英理子也是圣艾露美学园的同学，也同样拥有使用PERSONA的能力，这次是受到英理子的拜托前来协助圭。圭把电子锁交给了二人，麻希负责第一制御室的A门，玲司负责第二制御室的B门。最后圭把对讲机交给舞耶，要开A或B门只要和制御室的二人联络便可。由于B通道上的道具比A通道多，再加上B2的路线较短，因此笔者在这里建议玩者选择B通道进入理学研究所的地下停车场。另外由于进入每个部份之后便不可以回头，因此玩者在进入每部份之前最好SAVE一次，这可以避免选择错误而从新开始。当进入每部份之后，便要在10分钟内找到出口，因此无谓的战斗和交谈也要应可免则免，尽量利用逃走来节省时间找出口和取宝物。
舞耶众人成功通过下水处理设施，到达理学研究所的地下停车场。在他们的观察之下，发现这里的守卫并不算森严，只有一个守卫在入口守着。克哉看到守卫带着机关枪而感到惊讶，圭解释这并不是他们财团雇用的人，是须藤龙藏的手下。为了不能惊动其他守卫，要不动声息收拾他，于是丽便自告奋勇要色诱那守卫，并且坐言起行走了出去。正当众人想阻止鲁莽的她时，PAOFU第一时间冲了出去，利用纯熟的弹指武器把那守卫打晕，跟着向丽揶揄一番。克哉叫她把色诱之计留待下次使用，原本已经生气的她变得更怒气冲冲。最后在舞耶的催促下，只好跟着众人进入理学研究所之内。
当众人经过警备管理室的门前，听到房内传来一些吵闹声音，于是众人便偷听发生什么事。房内有两名守卫捉到一位染了头发的高中生，如果有玩前作的玩者一定会认得这位高中生，他便是「罪」的一位同伴，是渣滓学校的「番长」三科荣吉（是笔者在「罪」中最喜欢的角色）。因为他怀疑自己的朋友杉本，被人捉到这所研究所作人体实验，所以他便来这里找人，结果因迷路而被人捉了。两位守卫正想要把荣吉交给研究员时，圭和众人便出手相助。把这两个如喽般的守卫收拾后，舞耶等人相信荣吉的朋友杉本，因为曾经召唤过JOKER，所以才会被人捉到这研究所之内。克哉叫他首先回去，把他朋友杉本的事交给他们，不过荣吉S希望舞耶可以带他一起调查，可是克哉等人并不赞成。这时刚刚脱离青少年阶段不久的圭，很明白荣吉现在的心情，并不是说回去便可以回去的，因此便提议带他一起调查。不过要荣吉答应不能防碍他们，在途中说回去便要回去，荣吉答应之后众人再继续进入研究所内部。
舞耶他们走了不久，便找到了集合人体实验受害者的地方「独房集合部屋」。众人发现有位被JOKER魔化了的受害者，其馀的人即使还未被魔化，但精神显得痴痴呆呆。荣吉一边叫着杉本的名字，一边每间房也搜索他的踪影，可是并未发现杉本本人。这时圭便拜托荣吉，叫他把所有受害者带到地下停车场的货车之上。克哉问圭打算如何，圭要把这些受害者送到自己的医院进行治疗。荣吉答应了圭后，便把杉本的事拜托舞耶他们，众人便继续在研究所进行调查。在这间理学研究所的通道上，总共会有四种不同的闸门出现，分别是A闸、B闸、LV1闸和LV2闸。A闸和B闸只要利用一些切换掣来控制，LV1闸和LV2闸必定要取得保安咭才可以通过。虽然看来很复杂，不过由于有多个切换掣在版图之内，因此玩者很简单便可以顺利通过。在B1的左上方，会有一位研究人员出现，因为他已经很厌恶自己进行的人体实验，听到圭等人正在调查有关事情，于是给了LV1SECURITYCARD给舞耶。在2F的右下角，有一位研究员也因同样理由而协助众人，把LV2SECURITYCARD交给舞耶，这样众人便可以顺利进入3F的研究室。
众人进入了研究室之后，便调查研究所的电脑。根据电脑显示的资料，当中包括了一些「JOKER和人分离的基础研究」和「控制二足步行驱动，移植人体脊髓神经报告」等报告。不过最令圭惊讶的，是一个以神取鹰久署名的「人工开发PERSONA的研究报告」，原来圭一直追查的神田久鹰，真正的身份是神取鹰久。PAOFU马上拿出手提电脑把所有的资料COPY过来，并且对众人说只要3分钟便可以完成。当PAOFU的COPY工作快要完成的时候，丽S被研究室内的某东西吸引着，并叫众人进入研究室的内部。当众人进入那房间后，众人也被眼前的景象吓一跳。在漆黑的房间内，有一部印着JOKER字样的机器，并且在众人面前打开。神秘的机器内有很多大型的玻璃试管，内里载着一些像是液体又像魔鬼的东西，闪着好像眼和口的光，还向着众人张牙舞爪。就在众人也目定口呆之际，背后传来圭很熟识的声音「你还在干着间碟的行为吗，南田君．．．？」。当众人回头一看，房间内四面的灯也开着后，一大班手恃机枪的士兵冲入来包围众人。神耶鹰久站在高层的通道之上，身边还有两名士兵用枪胁持着三科荣吉。圭看着应该在三年前死掉神取鹰久，问他为何仍在人世。神取告诉他因为言灵的关系，因为那班人对他很有兴趣，所以便利用传言变成事实的特质令他复活过来。神取要胁圭把盗取的资料交出，否则便把荣吉杀死。圭在无计可施之下，叫PAOFU交出手提电脑。PAOFU只可耸耸肩表现不满后，把手提电脑交出。可是卑鄙的神取鹰久奸笑着，还说圭仍像小孩一样幼稚，于是准备开枪把荣吉杀死，但圭只有在傍喊叫停手。就