玩者要有两个人去负责回复的工作。至于攻击方面，要尽量利用神圣魔法，这样会比较有效。几经辛苦终于把那御前打倒，它化作一度红光之后，便由珠闲留城的顶部射出，并且不继地扩散。只看到那些女娲和龙消失了，甚至乎是TORIHONE这首古代大空船也是，只要是由言灵创造出来的东西也开始消失于大气之中。
第十八章~元凶~
在太空船消失的同时，舞耶等人被送到了一个奇怪的空间之内。正当众人大惑不解之际，一团白光带出了一位身穿七姊妹学园校服的达哉。原来他便是娜鲁拉度可狄布，亦即是达哉一直提着的「那家伙」。舞耶她们身处的地方便是它的世界「普遍的无意识领域」。在众人还在惊讶的时侯，达哉已经首当其冲向它一刀斩下，但被它一手接着。它除了变成达哉的模样之外，还一边自我介绍，一边变成众人的样子。它是源自人的内心产生的混沌之神，从人们内心的「三毒」（愤怒、无知、执着）而得到力量，亦即是人们心底潜藏着的阴影部份。当它变回达哉的时候，众人眼前出现了被捉了的荣吉，莉莎和淳三人。它要和众人玩个游戏，只要舞耶她们在这空间中能够克服心中的影子，它便会把一件玩具（人质）交还。如果舞耶她们不能克服的话，玩具内心「那一边」的记载便会恢复过来，只要三人也恢复记忆的话，「那一边」和「这一边」世界也会被毁灭。它说罢那些讽刺和讥讽的说话后，便带着三件玩具消失。
众人身处称为「莫娜多曼陀罗」（モナドマンダラ）的普遍无意识空间，一共会有六个不同的界。包括「理性之界」、「本能之界」、「裁判之界」、「知性之界」、「感情之界」和「断罪之界」。其中每个界也有一度门可以通到RESTAREA，那里有回复之泉和VELVETROOM，也有一度门可以直接出去珠闲留市。不过要在每一个界中触摸水晶后，才能使用那度门。另外，玩者只要找到连接每一个界的阶梯，便可以进入下一个界。当众人进入了「理性之间」之后，便出现了克哉高中时候的情景，他正在和淳的父亲^原先生相谈进路的问题。克哉要进入国立的法律系，目标要成为刑警。^原先生知道以他的成积到那里也可以，可是不明白为何会放弃他当造饼师的梦想。因此问他是否因为他父亲的原故，但克哉说和^原先生没关系便离开教员室。影像消失之后回到「理性之间」。影子克哉说他很后悔为作出的决定，对家人的爱也只是因为责任，长期饰演乖乖的长子很疲倦。克哉对影子的说话，似乎有些迷惑的反应。影子继续进击，说克哉正迷恋舞耶，众人听了也很惊讶。影子叫克哉不要伪善了，要争取想要的东西，这人不可以让给弟弟。克哉好像被迷惑了一样，取出手枪指着达哉，众人也叫他赶快醒来。此时的舞耶说相信克哉不会开枪（信じるわ…克哉さん…），克哉便反手开枪击中影子。如果玩者选另一个答案，荣吉便会恢复「那一边」的记忆。克哉对影子说他否定了他们兄弟之间的关系，是一个重大的错误，而影子克哉失败后便消失了。达哉听到克哉所说的话，从心底里感动了出来。
众人继续前进，到了第二界的「本能之间」，看到丽和舞耶在酒吧喝酒。在谈论舞耶对达哉的思念时，丽慨叹自己什么也不及舞耶。对于自己的工作和感情也十分不满，甚至自己也不能了解自己，找不到自己的立场，对舞耶只有羡慕的份。不过舞耶听着丽沉闷的嗦，不知不觉睡着了。影子丽在众人面前，用言语攻击丽。说她除了一无事处之外，连那女人（舞耶）也觉得她麻烦。丽听到后十分之愤怒，但影子并不会放过丽，问她找到自己的立场没有，并且要舞耶代她答。舞耶说这不是由她所答（私が答える事じゃないわ…），丽听后感到很开心，因为自己的事，一定要由自己所创的。影子看它又再失败，只好快快消失。当众人找到「裁判之间」时，看到荣吉的房间之内。在达哉上前救他之际，影子克哉和丽出现阻止，众人便首先收拾他们。影子克哉和丽所用的PERSONA与真实克哉和丽的最高专用PERSONA一样。就连弱点也相同。影子克哉害怕水和冰结系魔法，影子丽害怕地变系魔法。把二人打倒后，由于荣吉仍然晕倒，菲利文便帮达哉送他回现世。众人继续上路。
来到了「知性之间」后，众人看到PAOFU的PERSONA奥狄西斯，把过世了的浅井美树从墓穴里掘了出来，还握着她的颈撞向大树。奥狄西斯说嵯峨薰的东西，便是他的东西。看到痛苦的美树，PAOFU便想上前营救，不过却被舞耶阻止了（ダメよ`！！あれを攻击しちゃダメ！！）。这时奥狄西斯和美树也消失了，PAOFU终于明白，原来自己一直未能原谅的是自己，不是PERSONA和法律的错，而是因为自己没有能力，所以把美树害死。丽听后便安慰PAOFU，克哉说嵯峨薰在五年前已经殉了职，眼前这个只是名叫PAOFU的男人，叫他把以前的事情忘记。PAOFU亦接受了他们的好意，影子的阴谋也被破坏了。
到了「感情之间」后，「那家伙」又再出现，在它称赞完众人可以来到这里后，便问舞耶记不记得甚么时候会发怒。舞耶答只会感觉到很悲哀（ただ…とても哀しいだけだわ…），「那家伙」再问她为何那么软弱和悲哀，如果真的那么憎它，便开枪把它干掉，但它和达哉是一体的。舞耶并没有开枪打它（击たない），「那家伙」便没趣离开。众人来到了最后的「断罪之间」，达哉看到莉莎被吊着的情景，马上走上前救她，可是却被影子舞耶和PAOFU的阻止。这次和之前一样，影子同伴所使用的PERSONA也是最高专用PERSONA，舞耶是不怕任何的魔法攻击，弱点是物理攻击，PAOFU的物理防御力强，弱点是电击系魔法。把二人打倒之后，菲利文把莉莎送回外面，众人使用房间内的转移点到「那家伙」的地方。
「恭喜，这里是最终点。最后的玩具也在…」娜鲁拉度可狄布向众人指着上空的淳说，达哉叫「那家伙」放了淳，可是它要众人先看达哉所犯的「罪」。画面回到了「那一边」菲利文把五人的记忆和事实换掉，因而创造另一个世界的时候。虽然各人也不愿意把记忆忘掉，可是在这无可奈何的情况下只有照做。当菲利文要把一切RESET的时候，只有达哉不愿忘掉这份记忆，不希望再次孤独一人。「那家伙」解释，由于他一个人背叛了同伴的希望，今到二个世界产生扭曲和时间同步的失调，因此独自保留了「那一边」的记忆。因为他犯下了这个无法补偿的罪，所以「那家伙」安排他与舞耶和同伴再会的命运，令到世界再有机会步向灭亡的道路，这些全是达哉的命运。在旁边听着那家伙说着命运命运，令到PAOFU觉得十分烦闷。克哉和丽也同意PAOFU，还激励一直畏罪而一言不发的达哉。听到众人的说话后，「那家伙」变化为一头怪物「吼月之物」（月に吼えるもの），最终大战一触即发。
要把这只最后首脑打倒，首先要有极长久战的决心和准备，因此回复道具一定要充足。它的物理攻击和魔法攻击同样非常利害。玩者选用PERSONA的时候，除了要选择高LEVEL之外，还要选择拥有可以反射魔法或黑暗魔法无效的PERSONA，但也要准备一至两个理物防御高的PERSONA，舞耶和PAOFU的专用