藤、吉荣和佐佐木银次等田面党的干部得知。众人再问达哉，舞耶所有那些奇怪的感应，是否全部也是另一个世界的记忆？她和龙也是否也是从达哉的世界而来？达哉解释龙也纯粹是这世界的人，只是「那家伙」告诉了他「那一边」的存在，他只是被利用的。丽问舞耶是否也不是「那一边」的人，那为什么只有舞耶有「那一边」的记忆？面对着这个令人不明白的问题，达哉只用「有其他理由」想把他们的问题带过，还希望舞耶她们只知道这里为止，否则便不能返回头的。众人当然不想就此便算，舞耶也不希望达哉一个人受苦，达哉感到十分无奈并且继续前进。
来到了B3的第四个镜之泉，淳在舞耶的怀中渐渐地醒过来，达哉、莉莎和荣吉他们十分高兴。达哉拿了一个打火机出来，原来是淳以前送给他的。淳也从怀中拿了达哉送给他的手表，在「那一天」已经停了的手表，现在又再动起来。淳记起了和达哉的约定，二人要一起保护舞耶姐姐。舞耶把那朵蓝色的花交给淳后，淳为了自己做错的事而向舞耶她们道歉。就在这个时候，众人也感到很不妥，就好像被PERSONA压迫着一样。有一位神秘的男人出现在他们面前，并且耻笑田面党的首领也会被敌人的感情影响。现实中的达哉再次向众人解释着，「那一边」的JOKER其实是他的好友淳，因为被伪造的记忆所操纵成为JOKER。除了淳之外，达哉、荣吉、莉莎和舞耶他们，因为10年前田面党的须藤龙也放的那场火，变得距离越来越远。原本的舞耶教导他们要有梦想，无论去到那里五人也要在一起，之后因为舞耶家里的事情而要离开他们。因为不能接受这事实的达哉等人，把舞耶锁在神社之内，却刚巧遇上龙也放火。由于众人也以为舞耶已经死了，他们感到是自己害死她而恐惧，因此把那时的记忆潜藏在无意识之底，并且渐渐地忘掉。之后淳由于这歪曲了的记忆而被「那家伙」操纵，帮助「那家伙」把世界毁灭。
众人听了达哉的说话后，觉得他所说的事情和他们与新世塾的战斗很相似。克哉问操纵着淳的「那家伙」是谁？「表面上是淳的父亲，但内里完全不同，存在混沌的娜鲁拉度何狄布（ニャルラトホテブ）」。「那家伙」和菲利文是相对存在的，潜藏在人们心底之内，玩弄命运的巨大之影。「那家伙」的目的是为了令到这世界和「那一边」发生相同的事，因而利用新世塾。PAOFU问达哉的世界到底发生了什么事情，达哉叫众人继续前进。为了要更接近真相，舞耶等人便跟着达哉前去。
终于到达了B4的镜之泉，一切的真相便在里面。从镜之泉反映出来的，是菲利文的意识与无意识之间。达哉、舞耶、莉莎、淳和荣吉也在一起，「那家伙」和菲利文也同时出现。原来菲利文是知道「那家伙」假扮淳的父亲的，目的是为了观察人类。菲利文和「那家伙」源于人们的内心，是普遍无意识的化身，两个是表里一体存在的。菲利文负责引导拥有强大意志的人，「那家伙」是负责摧毁拥有软弱意志的人。为了观察拥有矛盾之心的人可否进化成为完全之物，全部事情也是由他们二人制造出来的，不过「那家伙」说他的目的不只于此。就在这时舞耶背后出现了「那家伙」的手下冈村真夜，她手持着长枪向舞耶的心房刺去。舞耶倒地之后众人便上前察看她的伤势，荣吉叫莉莎赶快用魔法回复她的伤口，可是无论她们如何施法也没法止血。莉莎问菲利文为何这样时，「那家伙」已经亲自解释。在以前基督被这支枪刺伤之后，他的身体便不停地流血。「那家伙」利用人间流传了二千年的凰当涑墒率档男Ч。奄奄一息的舞耶叫众人把她忘记，但众人当然不愿把这位曾经教导他们追寻梦想的舞耶忘记。「那家伙」却在耻笑舞耶最后死在同名的人手上便是她的梦想（舞耶和真夜的日文发音也是MAYA（マ`ヤ））
达哉问舞耶记不记起这一幕，舞耶惊觉后跌坐在地上。克哉问之后变成如何，达哉解释由于舞耶被同名的女子真夜杀死，这样便应验了玛尔亚之预言令到世界灭亡。因为和「那家伙」战斗的是普遍无意识的世界，所以只要有强大的意念，便可以现实化。因此菲利文便利用了这特性，把达哉他们从十年前相遇的那天开始RESET，把事实和记忆交换，因而创造了另一个新的世界。不过由于「那一边」世界的同伴是用记忆去换取事实的，因而要五人把所有记忆忘掉后，这个法则才可以成立。只要五人也把所有记忆也回复的话，这个世界便会因为两个世界出现扭曲而全消失掉。就是因为这个原因，所以达哉并不希望舞耶插手这件事。众人听了真相之后，显然是不能接受现实。丽和克哉也说达哉在说谎，当达哉为自己没有说谎而辩护的时候，舞耶流着两行泪水走到他的面前。这时游戏会出现两个选项，如果选择「蠢材…！这样只会变成伤害…」（バカッ…！そんなに伤だらけになって…），舞耶便会给达哉两记耳光打醒他。如果选择「够了…已经…够了…」（いいの…もう…いいの…），舞耶便会抱着达哉留下他。不过无论选择那一项，圭或英理子也是时候离队，让出一个空位给达哉加入。
第十六章~古代宇宙船~
当众人离开岩户山之后，各人也察觉已经浪费了很多的时候，要赶快去阻止龙藏的行动。根据街上的传言，那一艘古代太空船现正在地下铁工事现场那里，于是舞耶等人便赶住鸣海区。他们上了一辆没人的地下铁，舞耶便坐在车头的位置驾驶，克哉在她旁边协助，PAOFU和达哉坐着车内的坐位上。丽找到新世塾作运输之用的食物，看到无言对望的达哉和PAOFU，丽便拿了罐咖啡给达哉，可是达哉却不想要。丽问达哉为何只有他一个想起「那一边」的记忆？可是达哉却无言以对，幸运地PAOFU替他解围，叫他不想说的便不用说。PAOFU只想知「那一边」他们是什么样的。他回答克哉没有改变，丽也是被人骗婚，至于PAOFU只知是个收集传言的网页经营者，PAOFU为「那一边」的自己也和这里是一样而感慨。就在气氛僵硬的时候，克哉看到前面没路而叫舞耶停车。众人准备沿着铁路前进，当众人通过不太复杂的隧道之后，走到尽头便看见由传言变成的古代太空船TORIHUNE。
镜头一转到了TORIHUNE内的控制室，龙藏正在向全体的天诛军作出演讲。由于心存御前的心，因此传说中的TORIHUNE便能够实现。现在剩下要做的事，只有把女娲（JOKER）释放出来，现世中的十二条龙便会把所有的污秽一扫而空。新世塾的人群似乎已经被龙藏荒谬的言论吸引着，更一齐大声高呼起来。龙藏继续发表他的谬论，说现在人类的历史中有太多的宗教、民族、欲望和价值观。这些便是人类的历史，是「罪」的历史。现在是时候要清算这些东西了，这便是「罚」。新的未来会由新世塾所创造和带领，建设一个无原罪的世界。不过在群情汹涌的新世塾当中，似乎有一个人对龙藏的言论有意见，这个便是管原陆将，还说他们是异常者。不过他的特别见解已经被龙藏听到，龙藏叫他负责驾驶TORIHUNE，他要和御前登上「@之间」。龙藏在临走之时和管原说，虽然他身患重病，但由于立了大功，御前会实现他不老不死的愿望，「身体也许会有一些改变」龙藏留下这话便离开。
舞耶众人到达TORIH