斗后可以整顿一下军容，转换一些LEVEL较高的PERSONA。不过要记得起码要有两只懂电击魔法的PERSONA，组合出电击系的合体魔法。因为天诛军和二足型步行战车也害怕电击系魔法。
舞耶等人经过了重重困难之后，找到了遗迹的目的地「封印之间」。达哉仍是一马当先进入封印之间，把诛天军解决后，舞耶等人也到达了。可是神取刚刚完成解封的仪式，他把背后那块把龙的活动制御的大石破坏，封印就此被解开了。神取还告诉众人，世界中和这一样的十一块封印之石，早已被他们解开了。千鹤补充龙是地上流动着的巨大能量，之后只要把所有的「污秽」释放出来引龙的移动，这世界将会出现前所未有的破坏。现在御前和龙藏现正前往TORIHUNE太空船之上，舞耶等人可说是输定了。虽然舞耶等人急着追赶龙藏，但眼前的大战必定不能避免。圭问神取为何仍如此执迷不误，他不想再看到神耶失落的样子。但神取并不想被圭同情，还解释光和影也有属于自己的角色，因此他始终也是这样。圭听到这里便决定再次把他打倒，还把千鹤交给达哉应付。
这时游戏出现两种情况。第一种情况，如果玩者之前是选择圭作为同伴的话，这一战的敌人便是神取鹰久和四部X-2。玩者要首要目标是先把部X-2破坏，虽然它比较先前的X-1强劲，不过弱点和X-1相同，只要不断地施展电击合体魔法，很快便可以把它们消灭，不过仍要留意它的魔封刀。真正难应付的敌人是神取，由于利用魔法向它攻击并不奏效，因此玩者要在物理攻击方面着手。因为神取的魔法攻击非常利害的关系，所以这场战斗一定要有两个人同时负责回复的工作，否则很快会被全灭。第二种情况，如果玩者的同伴是英理子的时候，这场战斗的对手便是望龙千鹤。由于这次的千鹤并非珠闲留TV中的假人，因此没有这么容易对付。她会利用分身术变出四位假身，包括真身会有一共五位千鹤攻击玩者，而且四位分身也可以把所有魔法反射，幸好真身不是如此。利用这个特性，玩者只要使用自身无效属性的全体魔法，便可以把真身找出来，并且再集中攻击她。当她的真身受到一定程度的攻击之后，她的四位假身亦会消失。
战斗结束之后，强敌神取和千鹤也被打败，可是遗迹即将倒塌，四周也感到有震荡迹象。神取说要摆脱命运的安排是不容易的，问各人能否改变命运时，达哉便说他是为改变命运而来的，不能再次发生那样的悲剧。神取叫众人立即离开这里，虽然圭等人叫神取一起逃，不过却被他开枪赶走。千鹤留在神取身旁不打算离开，神取为连累她而道歉，不过千鹤却满足和神取死在一起。遗迹倒塌的情况越来越严重，当众人走到出口时，已经到了非逃不可的时候。这时还在拖拖拉拉的达哉，被克哉的喝令之下，和舞耶等人上了潜水艇。当潜水艇全速开动之后，遗迹的四周也开始塌下，众人总算在最后的关头逃出生天。
回到约港口的时候，一直担心着弟弟的克哉，终于忍不着叫达哉停下来，问他究竟有什么事情隐瞒着他，能否和他好好说清楚，达哉却用冷漠的语气说不要和他再有什么的关连。听到这里的PAOFU再也忍不住口，燃点了一根烟后告诉达哉，他的哥哥为了他，把低微的薪水也储起来。克哉听到PAOFU这样说后尴尬地问为什么会知道，丽解释PAOFU为了报复克哉上次调查他的过去，因此请圭调查克哉而知道。PAOFU继续教训达哉，说舞耶为了和他再次见面，不惜亲自烧毁那校章，甘愿为他冒生命危险，问他是否这样仍要继续一个人去冒险。听到PAOFU的一番说话后也忍不住，转身和克哉说他不是他的弟弟。克哉听后十分激动，认为无论发生什么事情，他也是克哉的弟弟，丽唯有劝克哉冷静。达哉叫众人如果想知道真相，便跟他到荒屋神社（アラヤ神社），他便会解释一切。
第十五章~真相~
舞取等人为了知道真相，便跟随着达哉走到莲华台的荒屋神社。众人来到神社的面前，克哉首先问达哉到底发生了什么事。正当达哉想说话的时候，舞耶感到心口痛楚而跌跪在地上，丽见状立即上前察看。这时舞耶又早感应到一些记忆，一位身穿水手服的高中女生正身处在燃烧中的荒屋神社之内。这位看似舞耶少女时候的人不继地叫达哉快逃，伏在地上的小孩便是达哉。小孩的面前是一位正在狂笑的青年人，这人应该是龙藏的儿子龙也。这时小孩体内的PERSONA醒觉起来，攻击那位发狂的青年。舞耶记起这样的记忆之后，露出了惊讶的表情。克哉问是否又再感应到奇怪的事情，不过达哉却像明白发生什么事，还说舞耶体内也有「那一边」的记忆。丽问舞耶看到什么，舞耶把她看到的告诉了众人。他们也很惊讶舞耶所看见事，克哉更说没有可能，这所神社从来没有发生过火警的，以前他经常带着年幼的达哉来玩的。达哉解释这些是「这个世界」的事，PAOFU不明他所讲的，达哉叫众人跟他到岩户山去。
众人跟着达哉到了荒屋神社背后的岩户山，达哉解释这里是一个可以把潜藏在人心底内的记忆反映出来的地方，即使是不想记起的记忆。听罢他的说话后，舞耶等人便继续前进。来到B1的第一个镜之泉，出现在众人眼前的景象，是圭和英理子等人在圣艾露美学园毕业的情况。由于圭要到英国留学，麻希便说距离很远，但圭回答虽然不能见面，但他们之间的距离是不变的。这时圭的管家松冈驾车前来接圭回去，在临别之前麻希提议大家一起承诺，当众人也实现梦想之后，众人要再次相聚。圭和英理子等人也答应后，圭也乘着豪华汽车离去。圭和他们看过这影像之后，便想起了自己因为现在仍未明白成为「日本一」的意思，而且由于身旁不同的时物影响之下，渐渐地把这个梦想忘记。但从现在开始不同了，无论去到那里，圭也会贯彻自己正确的道路。达哉再给众人解释这些便是泉之力，是完全不能阻止的，跟着便继续前进。到了B1的第二个镜之泉，出现了另一个景象。在七姊妹学园之内，达哉、莉莎和荣吉三人，刚巧遇上莉莎和荣吉吵架的场面，并且还互相改花名。就在这个时候，舞耶和雪野在三人面前出现。现实中的达哉向众人解释，由于当时三人被可以实现理想的JOKER咀咒，因此成为了JOKER的目标。当他们查探和JOKER有关的校长时，刚好遇上采访中的舞耶她们，这样舞耶便加入他们一起追查JOKER。说到这时，克哉不明白地问，舞耶和丽是因为采访那个「杀人的JOKER」，后来看到校长被杀才会被卷入事件之中，为什么和那影像不同。达哉解释他们看到的影像是「那一边」世界的记忆，和这个世界的不同。众人听后也十分惊讶，达哉继续说自己是从「那一边」的世界而来，因此和他们认识的达哉不同，他是借用这一边世界自己的身体，内里却是「那一边」的我。众人听后也感到大惑不解，这时达哉又继续前进。
当众人进入了B2的第三个镜之泉，看到在空之科学馆遇上须藤龙也的情景。达哉说当时和他们对敌的JOKER，是称为田面党的首领。影像出现的龙也是组织的干部。田面党从人们那里收集称为「IDEALENERGY」的梦想之心，宣扬人类的进化和灭亡的学说，为了实现被称为「玛尔亚的予言」（マイヤの托宣）。这些也是从须