酬和要求释放他的弟弟，须藤约他到港南区的废工场进行交易，到时会交护照、钱和弟弟给他。云豹叫须藤单人赴约，须藤也答应了他。PAOFU对众人说这是一个好机会，跟着便独自走了出去，临走时还露出怪异的笑容。由于克哉对于PAOFU仍然存有戒心，因此便拜托圭调查有关PAOFU的身份。丽因为担心PAOFU独自行动会有危险，于是便催促众人去废工场追PAOFU。
在某所办公室之内，一班人在神坛之前开会，神取和千鹤也在人群当中。正在以拐杖行路的人便是现任外相须藤龙藏，这个神秘的地方便是新世塾的总坛。当须藤问及一位面色不好的男人有关X-1的试验结果时，这个管原陆将便说要回去测试X-1，并且在离开时因不满须藤龙藏而留下一句「狐假虎威」的说话。现在新世塾的干部们，同样担心称为「特异点」的少年，害怕会阻碍他们的计划，而且也开始对御前的思想有怀疑。听到这里的须藤警告他们，御前的思想是要他们尽力完成使命便行。须藤龙藏一拐一拐地离开之后，其他的干部也相继离开，只馀下神取对着御前，说须藤只是个被野心冲荤头脑的老头。
舞耶四人为了追上PAOFU，进入了须藤和云豹交易的废工场。PAOFU和众人在货柜之上看着早已到达的云豹，但只见他和数名手下，见不到须藤龙藏的踪影。忽然见到云豹和他的手下吃惊的表情，原来并不是须藤龙藏亲自前来，只看到一辆二足步行战车和一大班士兵。云豹见状便立即逃避，只是他的手下来不及反应已被消灭。PAOFU看着独自逃走的云豹，于是一言不发地独自追着他。克哉看着PAOFU的背影道：「那个电话是须藤龙藏为了消灭云豹而设的陷阱，他是一早知道的」，众人现在只好追着PAOFU。在废工场这个版图之内，会有一些输送带的机关，在B2的字条中写着开启控制室的PASSWORD「19750326」，进入控制室之后才可以令输送带转方向，跟着便可以到达第2工场找PAOFU。
第十三章~激战日轮丸~
当舞耶她们到达了鸣海区的约港口（ヨットハ`バ`），圭的管家松冈已经在此等候。他告诉舞耶日轮丸正在珠闲留湾对外10公厘停泊，船的外表和一般游轮没有分别，可是内部S大有文章，于是众人便乘圭的快艇到日轮丸。如果玩者是选择圭的话，松冈会阻止圭参与行动，并说圭为了日后承继南田家，决不应该干这件事。但圭不想简单地承继业，因此有必要印证自己的力量。松冈唯有拜托舞耶她们照顾圭。就在众人乘快艇出海之后，松冈像是向死去了的前管家山冈报告，自言自语说圭已经成长了。为了帮助少主日后的前途，他打电话吩咐人把南田这名字从这事件中消失。
在日轮丸之上，千鹤走进潜水艇的格纳地方和神取会面。神取向她打探「老人」他们的情况，因为快要完成开封的事情，所以「老人」显得有点坐立不安。由于千鹤已经跟了神取一段相当长的时间，因此对于神取的能力是十分之了解。她问神取为何要被龙藏的差遣，还请他带领所有人把「老人」赶出去。不过神取显然对此事不太热心，他反而对于「特异点」少年和舞耶等人才感到兴趣。千鹤问他为何会有这样的想法，他说可能自己还未曾玩够。突然二人也听到一声巨响，连船身也感到震荡。神取知到是「特异点」达哉的所为，而且相信各人也会前来，因此便和千鹤二人乘潜艇出发。当神取的潜艇准备下水的时候，日轮丸的船身发生爆炸，看着红红火光的神取，面上带着一股奇怪的表情。就在潜艇离开的时候，圭的快艇亦赶到现场。
众人登上日轮丸的甲版之后，便和龙藏的天诛军展开激烈的枪战，其间不断由船上传来的爆炸声音。PAOFU称赞达哉弄得场面相当壮观，可是克哉对弟弟的激烈行动感到担心。由于对方的天诛军人数很多，众人为了要比达哉快找到龙藏，PAOFU便提议利用另一条道前进，于是舞耶她们便由船头的入口进入日轮丸之内。日轮丸之内的通道颇为烦复，因此笔者在地图上加上了标记方便认路。当众人走到2B的会议室之内，看来很像祭祠的地方。克哉看着从头顶的光投影在地上而成的地图，找到海底遗迹的位置在舞取所站立的附近。不过看不见龙藏的踪影，PAOFU便催促众人尽快继续前进。
经过了复杂的通道，舞耶她们到达了2F的直升机场。一架军用的直升机降落在停机屏时，看到有四部二足型步行战车X-1和两名天诛军，正在护送龙藏上直升机。忽然一条身影闪入，快速地解决了两名天诛军，身影的主人便是「特异点」少年。达哉向龙藏道：「须藤龙藏吗？你相信的东西是骗人的，不要被操纵。」，「蠢材，这个无理想，被罪所污染的世界才是骗人的，因此要接受惩罚」龙藏反驳道。达哉说：「错，要受罚的是我一个人」，这时克哉和PAOFU等人也赶到。龙藏对众人说教一番，现今世界像他们的人太多了，还叫众人站到他的一方，共同去创造一个无原罪和光辉的王道乐土。对于龙藏的说法众人也很不满，丽更叫他不要说笑，她不会应同老头的妄想。达哉以刑警的身份告诉龙藏犯了内乱罪，可以被判死刑和无期监禁。龙藏见不能改变他们，转身登上直升机。当达哉想冲前之际，四部X-1同时举刀相拒达哉前进。达哉叫舞耶五人对付三部X-1，他个应付一部。这次要应付三部X-1，比较在废工场多出二部，因此会较为吃力。不过玩者吸收过上次的经验后，只要善用电击属性的合体魔法，攻击时三只和一只没有太大分别，但回复方面需要有两个人负责。另外，也要留意当同伴中了敌人的魔封刀，便要再编战斗程序。战斗完了后，担心弟弟的克哉慰问达哉，舞耶也走到达哉的面前。不过达哉却露出愤怒的面孔，问舞耶为什么要前来，舞耶一时也不知如何回答。「身体的痛苦可以忍受，但是．．．！」说完之后达哉便一个人离开了。丽说首次看到愤怒的达哉，身为哥哥的克哉连忙向舞耶道歉。
被龙藏逃了后，PAOFU便建议在船上找工具到海底遗迹去。终于在日轮丸的B1找到潜水艇的格纳库，幸运地还有一艘在空置中。这时船身又再传来爆炸的声响，看来龙藏的船已经支持不住。这个从一架外型好像X-1的机械人传来达哉的声音，原来他早已乘着那部可潜水的X-2之内。克哉劝他不要乘坐那危险的机器时，达哉已经跳到海里。「蠢材！不要呆着说话！赶快进来！」PAOFU催促克哉逃走。眼见四周也开始塌下的克哉，也赶快到潜水艇内出发。
第十四~海底遗迹的封印~
利用日轮丸上的潜水艇，终于找到了埋藏「青龙封印」的海底遗迹。在众人找到遗迹的入口时，发现了达哉乘坐过的空置X-2，还有一艘被破坏的潜水艇，PAOFU说相信是达哉这小子所为。不过克哉显然很担心他，于是众人便赶快走进遗迹之内。遗迹的范围十分之大，而且很多地方也设下了陷阱，其中1F有一个广阔的房间，玩者只有一条路可以通过，其他的地方也会掉下陷阱。由于每次要走颇远的路才可以回到那房间重试，因此玩者要多留意自己的位置。另外遗迹之内会有VELVETROOM和回复之泉，经过漫长的战