罪终罚始达哉、莉莎、荣吉和舞耶等人，利用召唤PERSONA的力量，在一个可以把传言变为事实的地方「珠闲留市」，调查传言中JOKER的事件时，发现与JOKER有关的神秘组织「田面党」的阴谋，可是最终仍未能破坏他们的计划。最后在菲利文（フィレモン）的「意识与无意识之间」，舞耶更被「神圣之枪」贯穿了心脏，廷续前世仍未流完之血。虽然莉莎等人用尽所有方法，也不能令舞耶的伤口回复过来，只能眼看她流血不止死去。这时敌人的力量强大得无法消灭，于是菲利文利用了最后的方法。他送达哉等人回到过去未曾相识的时候，除了能把舞耶救活之外，还可以把敌人回到之前的状态，可是大家的记忆会因此被封闭。当众在车站前相遇时，互相也认不到对方。不过当舞耶和达哉因相撞而对望时，都有着似曾相识的感觉。「罪」的部份便这样完结了。
第一章七姊妹学园杀人事件
周防达哉自从在车站和舞耶相遇后，他被封闭了的记忆，忽然好像电影般在重现在他的脑子里。他走到曾经被火烧过的寺庙前，为了之前的记忆而事感到烦恼，他最后决定要偿还以前作过的罪。在另一边的某所会议室中，一班人正在进行一些宗教仪式。其中一位好像首领的谜之老人站在祭坛之前开始进行所谓「言灵之仪」。在这些人当中，有些人的衣服很像警察的制服，不知是否和警察有关。「天野舞耶」是「罚」的主角，她刚完成采访的工作后，回到Crystal杂志社的办公室。她在自己的桌面上收到一张字条，上面字着「下次便轮到你，JOKER」。舞耶还未有时间去想字条的内容，己经被水野总编辑叫了入房。不知水野总编辑是否针对舞耶，除了把她的请假申请取消外，还把她的拍挡雪野薰调派到其他工作，并且要她单独负责「JOKER猎奇杀人事件」的采访工作。舞耶和水野总编辑对话完后，便会自动和雪野薰对话。跟着只要和所有职员对一次话后，再找薰对话一次，舞耶便可以乘电梯到大堂找她的好友──丽。丽知道舞耶需要工作而不能付约后十分失望。她立即陪同舞耶到七姊妹学园做采访工作，希望能尽早完成，然后再一起去相亲派对。
到了七姊妹学园后，在教员室遇上两位调查的警察，他们怀疑一位学生和JOKER杀人事件有关。其中的一位警察就是周防达哉的兄长──周防克哉，牙子老师便问他有关达哉的事情，原来最近达哉没有回家也没有返学。两位警察离开教员室后，舞耶他们便和牙子老师相谈，原来牙子老师曾经是薰在「圣艾露美学园」的班主任。牙子老师希望舞耶等人在采访期间，不要太过刺激学生的情绪，免得校园产生混乱。当舞耶和丽两人走进校园1F的中庭时，遇上这所「七姊妹学园」的反谷校长。他正在欺负被警方怀的学生吉村杏奈，由于她以前经常和问题学生周防达哉一起，校长便向她说一些难听的说话后便离开。舞耶和丽问杏奈为什么不反抗，可是当她知道舞耶是杂志记者后，留下一句「杀了他」便离开中庭。因为舞耶他们有事需要问清楚反谷校长，所以便和丽一起到了校长室。当她们进入校长室时，S被恐怖情景吓倒。她们发现反谷校长染满鲜血的尸体倒在校长室之内，同一时间克哉也到达现场，他观察了尸体后便判断和JOKER有关。这时在门口出现了杏奈的身影，丽立即怀疑校长是她所杀，不过她说和她没有关系便急忙逃走。克哉见状立即出去追她，舞耶和丽也跟着出去。三人追到走廊的时候，忽然有一只魔兽出现阻截她们，接着背后有个用纸袋蒙面的男人走出，并来声称自己是JOKER。那男人召唤恶魔向三人攻击，目的是要迫使舞耶发动PERSONA，并叫她记起以前的事。克哉立即以嫌疑犯501号的名义拘捕它，可是S被JOKER召唤的恶魔攻击。这时三人内心的PERSONA忽然发动起来，并且把那恶魔消灭。JOKER为了要舞耶记忆起过去的事情，于是便亲自攻击她们，三人便立即晕倒。
当三人回醒来后，发现自己身处一个奇怪的地方，眼前有位自称菲利文的人，就是他把三人送来这个「意识和无意识之间」。菲利文向三人解释有关PERSONA的事情之后，说有一件事情要拜托她们。可是看来气弱游丝的菲利文，还未解释清楚事件后已经消失了。三人回复意识后已经返回了七姊妹学园，克哉立即致电回警署要求派人前来协助。克哉向牙子老师说明校长被杀之事后，并要求她协助把学园封锁后，跟着三人便继续去找JOKER。
三人走到3F的中间时，克哉感应到JOKER在4F。但由于4F的钟楼被锁着的关系，舞耶等人要回到教员室取钟楼的锁匙。从草加老师那里取到锁匙的三人，走到4F进入了钟楼之后，看到刚才的JOKER正在向杏奈追迫。克哉见状便喝令JOKER停手，JOKER召唤了三只恶魔对付舞耶她们，一只艾普莎（エンプ`サ）和二只亚比普（アペプ）。要留意艾普莎会使用回复魔法，要集中力量收拾它后，再消灭二只亚比普，只要用舞耶的PERSONA作回复，其馀二人作集中攻击便可。
舞耶她们打倒那些恶魔后，再次被JOKER的魔法攻击打晕。舞耶在朦胧中听到一些打斗的声音，醒来眼前出现了一个月前在车站遇上的de'ja'vu少年。那少年把七姊妹学园的校章交给舞耶，叫她拿着校章到青叶区的葛叶侦探事务所，把「拿着这个校章的话，被JOKER袭击也会安全无事」的传言散播开去。他在克哉和丽醒来之前离开，不过在离开之前，他叫舞耶把所有的事也忘记。当警察到了现场后，岛津管理官便向克哉查询有关的事情，克哉讲述所有事情后，岛津他们非但不相信克哉，还怀疑他的办事能力，叫他到温泉休息一下。克哉当然不理会他们，并且与舞耶和丽一起继续行动。
第二章神秘的协力者
舞耶等人按照着那少年的说话，带着校章去到青叶区的葛叶侦察探事务所，要求把那传言散播开去。可是轰社长说没有这样的服务，不过记得曾经有人客问过有没有把JOKER的传言散播开去。舞耶等人把所有事情告诉轰所长后，为了正实传言是否会变成事实，他便接受了这项服务。舞耶只要和轰所长对话，便可以选择散播不同内容的传言。侦探社门口的招财猫会叫舞耶捐钱，如果不损的话它会说你小气。侦探社的小环想起了之前问有关传言的客人，曾经用过INTERNET去寻找JOKER的传言。舞耶等人便尝试到那客人到过的「报夏」网页搜查，看到网页的主人PAOFU（パオフゥ）留言给拉比度（ラビット），如果要JOKER的消息便去W．SLASH找那店员。舞耶等人便听从指示去W．SLASH，那个店员叫她们使用红色的那部电脑。舞耶等人想再联络PAOFU时，忽然感应到PERSONA的反应。原来坐在她们对面的男人便是PAOFU，他叫舞耶等人跟他到PARABELLUM相谈。
PAOFU是位盗听猎人，他把传言收集回来后放在自己经营的网页上。舞耶把之前发生过的事告诉PAOFU之后，克哉便要求PAOFU也讲出真相。JOKER的传言之所以会在整个珠闲留市散播着，主要是因为那传言在某电视台公