随后甫洛易斯为信长写下了这样的宗教观：
“我不主张承认没有看见的东西，比如来世。”
对于只相信现在的信长来说，日本宗教已令他失望之极，甫洛易斯的说教引起了他强烈的共鸣。他们都信奉唯一的神，唯一的现实。
信长认为，日本宗教是自己的敌对面。来自于诸教团的势力干扰，已成为他霸业达成的主要障碍。他想将“吉利支坦”培养成新兴的宗教势力，用来对付日本宗教诸教团。
信长心中暗自盘算：只要和传教士搞好关系，就可以从葡萄牙商人手中获得铁铳、火药、钢材等西洋特产。如此一来，独霸天下将指日可待。
“你的要求，我会认真考虑。”
那天信长当面并没有给甫洛易斯明确的答复。只是让他五日后再来参见，到时具体面议。
信长的态度，使甫洛易斯感觉到希望的曙光。或许不久以后，在京都自由居住、布道，将不再是一个梦想。
在旁边目睹了会见全过程的朝山日乘，此刻心里像是打翻了五味瓶一般不是滋味。
日乘本是出云朝山家的执事，入信法华宗后，由正亲町天皇亲赐“上人”称号，随后受到信长宠幸，以“政僧”身份一直跟随其左右。他善于运筹帷幄，为信长扩张势力立下诸多功劳。
如果让红毛教乘机而入，必将失去信长对自己的大半宠幸，如此一来，“政僧”的身份也就变得没有任何存在价值了。日乘对此深感忧虑。
五日后的四月八日，信长再次接见甫洛易斯时，授予他承诺京都居住的自由和诸役税免除的朱印状。耶稣会终于如愿以偿，从信长处得到了自由布道的保证书。
京都素有排他的风气，甫洛易斯对此颇有感触。在京都说服一个人改信基督教花去的精力和时间，在其他地方足可说服二百人入教。但纵然如此，能够获得京都居住权和传教许可，对耶稣会来说仍然是一个天大的福音。
但是，信长在保证耶稣会自由布道的同时，也提出了对甫洛易斯而言甚是棘手的附加条件：
“听说和传教士一同来日的葡萄牙商人，将我国良民作为奴隶在国外非法买卖，我坚决反对这种无法无天的卑劣行为。此前之事过往不咎，但此后耶稣会需告诫奴隶商人，本国严禁买卖人口！”
信长的附加条件让甫洛易斯备感困惑。他不知该如何向信长解释：传教士和商人都是葡萄牙政府对日政策的两翼。
当初，传教士们在战场上亲眼目睹了军阀与人贩子之间公然的买卖交易。他们也曾考虑将奴隶买下后放生，但苦于囊中羞涩只得作罢。大量的日本人被作为奴隶运到葡萄牙。事情发展到今天，局面已不是耶稣会可以掌握的了。
另一方面，对信长授予甫洛易斯朱印状一事，日本教团表示极大惊愕。
足利义辉被暗杀后，“吉利支坦”虽然被禁止布道，但教势相对先前实际上并没有减弱。加之这次获得了信长的保证，此后信徒数目必将如燎原之火般激增猛进。日本诸教团深刻感觉到危机迫在眉睫。
3
四月二十日，眼见京都城内已恢复安定，信长决定暂时返回本领。临行之际，甫洛易斯再次前来登门造访。巧的是，日乘也在同一天前来为信长饯行，这真可谓不是冤家不碰头。
日乘抢在甫洛易斯之前首先发难：
“我国乃是神圣之邦，而此刻坐在大人旁边的这位却是邪教徒的首领。大人果真要允许他施展邪法妖言惑众吗？请即刻下令，将此等邪恶之徒尽数赶出京城。”
“上师，你为何称呼‘吉利支坦’为邪教呢？我们有我们的神，他们也有他们的主。为何彼此间非要分出个高低上下呢？我不明白，尔等为何对基督教如此深恶痛绝？”
在信长一连串的反问下，日乘顿时哑口无言。
脱离苦海深渊
“那是因为在日本，佛教宗徒都视本门教义为不二法则。为了维护正统地位，他们不惜任何手段代价。而我等舍弃身家性命的目的，只是为了救济民众脱离苦海深渊。”
说这话的是甫洛易斯的同行弟子劳伦斯。
“吉利支坦”舍生忘死的宗教献身精神，令信长瞠目结舌。他们不远万里渡海来到异教徒的领地，即使受到种种压力迫害，也都顽强忍耐。所有这一切，只是为了能够留在日本继续布道。和传教士们大无畏般的宗教献身精神相比，早已因派系争斗丧失民心的日本佛教诸宗，在信长看来，更像是一群乌合之众。
劳伦斯话语激怒了日乘，他一跃而起：
“那么请大人允许，拙僧要和邪教徒过过招。我会用事实证明，邪教徒们所信奉的邪法是多么不堪一击！”日乘向甫洛易斯和劳伦斯发起了宗教论争的挑衅。
信长认为这是件非常有趣的事情，于是爽快答应了日乘的请求。
首先应战的是劳伦斯，他有着丰富的辩论经验，是耶稣会著名的舌战高手。日乘争不过劳伦斯，很快败下阵来。但素来娇纵成性的他，恼羞成怒之余，竟然毫不顾忌信长的权威，当面拔刀杀死了劳伦斯。
信长勃然大怒，在场的和田惟政和木下藤吉郎（秀吉）急忙出手制服了日乘。僧人就可以如此肆无忌惮？信长对佛教更加厌恶了。他宣布：本次论争以“吉利支坦”的胜利而告终。
但日乘不肯善罢甘休，他进宫觐见正亲町天皇，哭诉哀求的结果，终于获得“将‘吉利支坦’传教士悉数赶出京城”的谕旨。
起码从表面看来，相对于信长的朱印状，天皇的谕旨要更具权威力。日乘企图凭借圣旨一举将传教士们赶尽杀绝。
朝廷和日本宗教之间，有着千丝万缕的内在关系，历代天皇本身