大量逃走。
施加过成为超兵的处理的被验体们，在逃跑的时候全员都还很年幼，一般认为绝大部分都已经死亡。
但是，最近却出现还有残存者的情报，而且还发生执行追踪调查的特务机关成员全部失去联络的事件。
是遭到残存超兵的反击而溃灭，还是该机关也发生了大规模叛逃……无论如何，可以肯定的是这绝对是件坏消息。
对于这事件，超人机关技术研究所把所有的事实都隐蔽起来。对于至今还没研发出能够投入实战的超兵的研究所来说，当然会希望避免陷入让自己立场更糟的状况中。不管是有超兵残存在外、还是特务机关的成员叛逃，只要放着不管，对方想必也不会出现什么反应才是。
就在一切都被埋葬于黑暗之中的情势中，有一群人对这事件从新的角度注目着。
次世代开发技术研究所。
这是一个为了开发用来代替人革联的铁人式作为次期主力MS的组织。
以协助特务机关追捕超兵的形式，参加的次世代开发技术研究所的两名驾驶员，偶然目击到前所未见的高性能MS。得到这情报之后，该组织为了捕获这架机体而展开行动。
「联络来了。出击！」
红发的女性驾驶员吼着。
这里是人革军的MS格纳库内部。她的身边，有一架外型奇异的铁人式。双肩大大朝外突出。并在右侧装有巨大的炮。在昏暗的格纳库中，其外观轮廓看起来大幅逸脱人型兵器的范畴。
「动作快点！准备出击！」
「出击……了。」
口中慢吞吞地复诵着红发的女性士兵说的话，一位金发少年露出身影。虽然他的年龄看起来实在不会让人认为他是士兵，但是身上却整齐穿戴着驾驶员服。
「那架会发光的机体，落入陷阱了。」
「黛儿，那个一闪一闪的会出来吗？」
「叫我贝迪利亚中尉，李奥纳多•范恩斯特务少尉。我不是一直要求你要这样称呼我吗？在军中我连黛芬妮这名字都没被人叫过。居然还昵称我黛儿……我可不是你的朋友。懂了吧？」
「嗯、嗯，抱歉。」
女士兵和少年，进人格纳库的怪异机体中。
「是陷阱啊……」
葛拉贝驾驶的秘天使高达，正陷入绝境中。高达操纵者候补其中之一的超兵机关逃脱者「被验体E-57」，葛拉贝收到关于他的新情报后动身行动，但该处却没有E-57的形姿。
即使知道是陷阱，葛拉贝心中也毫不焦躁。他知道。马上就可以自此绝境中脱身。
援军正赶来此处。希克萨•费米所驾驶的支援机，能够支援强化高达的GN典籍战机。
同时，他也很清楚两机合体后的秘典模组所蕴藏的能力之高。