地球圈现在处於战争的时代。
人类分成二个派别开始互相斗争。
一个是住在地球上的“自然人（Natural）”，另一个就是住在宇宙的殖民地=PLANT的“调整者（Coordinator）”。
相对于自然人是自然诞生的人类，调整者是在出生之前将优秀的遗传基因组合，如字面那样进行了“调整”而诞生的人类。
相对于拥有优秀的遗传基因、在各方面淩驾於自然人的新人类，对於可以说站在父母的立场的旧人类来说，旧人类打算取得支配性的立场。那说不定是对优秀的人的恐怖心理。可是，对被支配的当事者来说，这除了意味“迫害”以外就没有其他东西了。
——CosmicEra(统一历)70年。
双方的对立成为了既定的事实。居住著调整者的PLANT的其中一个，“尤利乌斯7”被自然人破坏了。这就是世人称为“血染情人节”的悲剧。
因为这个事件，很多调整者的生命散落在宇宙之中。
到了这里，调整者的容忍达到了界限。他们将在很久以前为了保护自己的同胞而组织的军队“ZAFT”真正地起动。
ZAFT军，立刻就开始行动。为了与作为父亲的自然人们作战，对作为母亲的地球开始作出攻击。
相应的，地球的各国超越利害关系，互相配合组织起地球连合军。
开战当初，从没有人会想到以压倒性的物质资源为傲的地球连合的胜利会被动摇。
可是，那个预测被辜负了。
ZAFT军一直开发著推翻到那时为止的常识的人型机动兵器“MobileSuit”。
富有通用性和机动力的MobileSuit，以少数的军力就压倒了地球连合军。
少数的优秀兵器和大军互相碰撞。在以扭曲了的形式将军力平衡下的战争中，虽然局部地区的战斗能终结，但是大局的终结已经无法看到了。
战局陷入僵局，从开战到现在11个月过去了。
即使在这个看不到尽头、被拖长的战争中，人们也必须要活下去。“活下去”这件事对自然人和调整者是没有差异的。
成为了日常的一部分的战斗，为特定的职业带来了巨大的变革。
回收被破坏的机械循环再用的废物商。
在战争的时代，破坏以超越生产的速度进行著，令以重新利用为业的他们的工作地重要度增加了。
同时，更直接地将“战斗”作为职业的人也出现了。
那就是雇佣兵。为了报酬而作战的他们，工作并不涉及主义或主张。对他们来说，无论是自然人还是调整者都没有关系（实际上，存在著大量由自然人和调整者混编的雇佣兵部队）。重要的只是报酬。因此，如果只要承诺给予确实的报酬，无论是ZAFT军还是地球连合军都能雇佣。一同作战的同伴，第二天将枪口相向这样的事一点也不新奇。
这就是，在艰苦的战争岁月，坚强地活下去的人们的故事。