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玛丽和达恩利两人排除万难结了婚，但是没过多久，婚姻就出了问题。达恩利虽然是女王的丈夫，但是行为举止却好像当上苏格兰国王一般傲慢，再加上他粗暴、性好女色、酒品极差等众多缺点一一显现，使得夫妇之间出现了裂痕。
起先玛丽对丈夫的无理行径还会尽量忍受，但是后来，达恩利竟然要玛丽在签署官方文件时。把丈夫的名字摆在女王前面，终于引爆了玛丽的不满。一五六六年，玛丽为达恩利生下了一个儿子，但是他们破碎的婚姻已经无法挽回了。
世纪之恋与妖魅的女王
就在这时，另一段感情趁隙攻占了玛丽的心灵。这场被人们视为世纪之恋的感情，男方是正值壮年三十岁的贵族伯斯维尔，他浑身洋溢着「雄性」的贺尔蒙，与玛丽过往的丈夫完全不同。伯斯维尔对王位抱有野心，以强势的态度争取玛丽的爱，当时才二十四岁的玛丽，过去除了年纪比她小又柔弱无力的丈夫之外，从没见过如此阳刚的男人，于是一头栽进了这个感情漩涡之小，迷失了自我，甚至做出一些违背常理的事。
伯斯维尔为了除掉玛丽现任的丈夫，派了手下去暗杀达恩利。某天深夜，达恩利居住的别墅突然发生大爆炸，人们将达恩利的尸体从瓦砾中挖掘出来之后，赫然发现他其实是被绞杀勒毙的。截至此时，达恩利与玛丽的婚姻才持续一年半而已。
可是玛丽接下来的行动更是匪夷所思，她并没有为死去的丈夫守节哀悼，只替达恩利办了个简单朴素的葬礼，之后立刻就和伯斯维尔举办了婚礼。
这样的行径惹来全欧洲的非难，邻近各国的王公贵族都责难玛丽，要她尽快将谋杀达恩利的犯人缉捕到案。可是这时的玛丽早已被爱情冲昏了头，根本听不进周遭的质疑和批判。
结果不满的贵族们竟然起兵叛变，剥夺了玛丽的王位，将她幽禁在湖中央的孤岛城堡里。至于伯斯维尔，则是被逮捕、驱逐到国外去。
无止境的牢狱之灾
这时的玛丽才二十四岁又六个月，荣耀的日子就宣告终结，紧跟在后头等待她的是漫无止境的牢狱生涯。她怎么都没有想到，和伯斯维尔谈的那场热恋，竟然会把她拖累到这样的下场。
玛丽靠着她的美色，诱惑负责看守她的城主的弟弟，借着他的协助逃出幽禁之地，还召集了一批军队，和那些叛变的贵族对抗。可惜，幸运的女神早巳不再眷顾她了。她的部队很快就遭到击溃，玛丽带着少数随从四处逃难，最后搭船走海路抵达英格兰，向「姐姐」伊莉莎白女王求助，希望英国女王能及时伸出温暖的双手。
但是，当时正是新教与旧教爆发流血抗争的时代，在伊丽莎白女王眼中，玛丽这位天主教国家的女王跑到英国这个新教国家来寻求庇护，十足是个麻烦人物。结果伊丽莎白女王不但没有协助玛丽，反而将她软禁起来。毕竟，英国正在推行英国国教，要是境内的天主教徒把玛丽当成精神领袖，就有可能发起叛变推翻政府，这是伊丽莎白女王所无法坐视的。
玛丽接下来的青春岁月全都被牢狱生活给填满，被软禁长达十九年之久。而在此同时，她的竞争对手伊莉莎白女王则是日益强大，建立起伟大的名声。相较之下，玛丽的前途毫无希望，双脚饱受关节炎之苦，才三十出头就已经满头白发。
即使如此，玛丽仍旧接受天主教国家西班牙和罗马教廷的援助，策划如何把伊丽莎白一世从王位上拉下来。在软禁的期间，她也秘密和天主教信徒取得联系。可是，这许多次谋害伊丽莎白、拥立玛丽继位的阴谋都被提前破获，许多人都背上罪名走上了断头台，就连身世不凡的名门贵族诺福克公爵也难逃一死。
至于那个伯斯维尔，他在流亡丹麦时被捕入狱，十一年后在监狱之中发疯而死。许多和玛丽有过一段情的男人也都是同样的结局，就像被下了诅咒似的，全都没有好下场。
走向处刑台的历程
这魅惑之恋的最后一名牺牲者，就是本篇一开头提到的青年贵族巴宾顿。只要玛丽这位从不死心的阴谋策划者还活在世上，英国就永远无法高枕无忧。伊莉莎白女王和她的重臣一想到玛丽就觉得芒刺在背，决定一劳永逸的解决掉玛丽。
行动始于一五八四年九月，英国议会通过了一道法案，明文规定凡是策划谋叛、对伊丽莎白女王不利，所有阴谋参与者都将判处死刑。伊丽莎白最为倚重的左右手沃辛翰爵士于是开始策划，要让玛丽卷入暗杀伊莉莎白的阴谋，就这样一步一步的把玛丽逼入死角。
偏偏在此时落入这争权陷阱中的，就是年轻、纯情、热血的天主教贵族巴宾顿。他以前还在舒兹伯利伯爵手下做事时，就曾近距离与玛丽有所接触，渐渐的产生了爱慕情愫。巴宾顿在伦敦加入了天主教徒的秘密集会，一群伙伴们经常在饮酒之余讨论营救玛丽的计划。
沃辛翰派出间谍基尔福德，假装友好而接近巴宾顿，还当信差帮玛丽与巴宾顿传送信息。想当然尔，这些信件都被拆封，解读密码，然后将手抄本送交给沃辛翰爵士。
巴宾顿毫无警觉的策划暗杀伊丽莎白女王、拥立玛丽，把这些计划都写在信件里送给玛丽，玛丽欣喜的答应了，要巴宾顿去执行计划。看在伊丽莎白女王眼中，这简直就像飞蛾扑火，得来全不费功夫。八月十四日，巴宾顿突然被捕，六名同伙都被关进伦敦塔里，此外，还有三百多名曾与他有过接触的天主教徒也因此被捕入狱。
玛丽这次再也无法全身而退，被逼入了绝境。九月底，由三十六名贵族组成治安审判会议，开始审判玛丽的罪行。玛丽毅然决然的在法庭上否认她有暗杀伊莉莎白女王的意图，但法庭还是宣告判处死刑定谳。
不过，玛丽对自己的处境并不感到难过，她反而觉得，死刑能够让她从长久累积的痛苦中解脱出来。一五八七年二月八日行刑当天，她用心挑选自己临死前的衣装打扮。她穿上有蕾丝装饰的纯白衬衣、貂皮滚边的黑色天鹅绒上衣、黑色的披风以及大红色的衬裙。
经过十九年的幽禁生活，玛丽的脸上多了一些皱纹，身材也略微发胖，但浑身仍旧散发出不可冒渎的高尚气质。她小心稳健的走上处刑台的台阶，当她脱下黑色披风与黑色上衣之后，露出了穿在里头的大红色马甲与衬裙，让在场所有人都大吃一惊。接着，她又戴上侍女递给她的红色手套，全身上下部被血红色所包裹，在这流行服饰的背后，隐藏着她求死的决心。