伊丽莎白一世驾崩之后继任英国国王，从他执政的时代，伦敦塔就很少再执行死刑处决了，不过，取而代之的是各式各样的拷问刑具进驻伦敦塔。
举例来说，现在仍旧放置在伦敦塔内展示的「刑架」，就是当年汕留下来的拷问刑具之一。用刑时把罪犯的手脚绑在架子上，然后向两旁拉开。造成关节脱臼。这个刑具最初是十五世纪时担任伦敦塔治安官的艾克塞特公爵所引进的，所以人们给这刑具取了个绰号叫做「艾克塞特公爵的女儿」。
亨利八世时代的伦敦塔治安官吏凯菲顿，则是发明了一种名叫「史凯菲顿的女儿」的拷问刑具。这种刑具是一个A字形的铁架，顶端扣住罪犯的脖子，中段夹住罪犯的双手，底下则扣住罪犯的双脚。
在用刑时，借着调节铁架的开闭，可以把罪犯的头强押到双腿之间，使得身体弓起成为球形，所承受的痛苦不可言喻。
伦敦塔还有一个观光名胜叫做「紧迫牢房」，这个「牢房」高一公尺二十公分、深度只有六十公分，把人关在里面，由于空间过于狭窄，会强迫犯人低头用下巴顶着胸口。在这「牢房」里，想坐也坐不下来，想站也站不起来，只能一直保持半蹲的姿势。
另外还有一个名叫「老鼠洞」的牢房，设置在泰晤士河旁边，刚好和水而高度一致。每当泰晤士河水位上涨时，这间牢房里就会开始进水，同时还有许多饥饿的老鼠涌进来。罪犯在一片黑暗中与无数的老鼠搏斗，到头来是敌不过老鼠的尖牙利齿，变成老鼠的晚餐。
下场悲惨的两位小王子——爱德华五世与约克公爵
莎士比亚所描述的悲剧
在伦敦塔的众多悲剧之中，最引人落泪的，莫过于年幼的爱德华五世和他的弟弟约克公爵的故事了。这是发生在玫瑰战争（一四五五～八五年）末期的英格兰王位争夺战。
拉斐尔前派的画家约翰-艾福瑞特-米雷有一幅极为著名的作品叫「伦敦塔的王子们」，画中两位少年紧紧依靠在一起，神情紧张环顾四周。仿佛害怕有刺客前来，这幅画其实画的就是爱德华五世与弟弟约克公爵。
莎士比亚在他的戏剧「理查德三世」之中，也提到身形佝偻的理查德（后来的理查德三世），将他的侄子爱德华五世和弟弟约克公爵关在伦敦塔的血腥塔内，后来为了夺取王位，甚至不惜杀害两位少年的情节。
莎上比亚的戏剧充其量只是个人创作，但后人几乎都认定理查德就是下令暗杀幼主爱德华五世的人，把这件事视为史实。而且，杀人现场血腥塔如今也对外开放供人参观。
一四八三年四月九日，当时的国王爱德华四世骤逝。这个消息立刻以快马捎信通知住在邻近韦尔斯的爱德华王子、和住在北方的格洛斯特公爵理查德（爱德华四世的弟弟）。
收到消息后，担任王储摄政的瑞佛斯伯爵安东尼（王储之母伊丽莎白的弟弟）和葛雷爵士立刻启程，保护王储赶往伦敦。王储与瑞佛斯伯爵一行人比理查德更早一步，先抵达了史托尼-史特拉福。
由于瑞佛斯伯爵顾虑到王储的叔叔理查德会对政局安排有所不满，所以把王储留在当地，他和葛雷爵士则是折返回到北安普顿去会见理查德。
但是这是个要命的决定，因为理查德是个极有野心的人，他听说哥哥死去，只留下年幼的王储，心里就起了夺取王位的念头。理查德先是笑脸迎接瑞佛斯伯爵与葛雷爵士，邀两人夜宿家中，但是到了隔天二十九日一大清早，他就派遣士兵逮捕两人，并且立刻处死。
孤伶伶待在史特拉福的王储爱德华，就这样落入理查德的手掌心，在理查德的护卫下前往伦敦。
皇太后伊丽莎白得知弟弟瑞佛斯伯爵遭到处决，心中有了不祥的预感，她赶紧带着另一个儿子约克公爵躲到西敏寺里避难。
五月四日，理查德一抵达伦敦，就宣布要在六月二十二日为新国王（爱德华五世）举行加冕典礼。
这个友善的举动，其实是要把躲在西敏寺里的王储胞弟约克公爵骗出来的计谋。理查德差遣使者波查大主教前去说项，果然轻松的从伊丽莎白身边骗到了约克公爵。
结果原先预定好的加冕典礼立即取消，国政全都落入理查德的手中。七月六日重新举办盛大的加冕典礼时，王座上主角已经不是爱德华五世，而是靠着诡计抢到王位的理查德三世。
被幽禁在伦敦塔内
人称「少年国王」的爱德华五世，就这样断送了继承王位的机会，他的弟弟约克公爵也一并被捕，两人都被关在伦敦塔内。当时爱德华年仅十二岁，弟弟约克公爵只有九岁。
理查德三世即位之后，有时人们会看到爱德华与约克公爵站在伦敦塔的窗户旁向外张望，那如同囚犯一般的眼神，让看过的人不禁难过落泪。
到了八月之后，突然再也没有人看到这两位小王子了。因此后世史学家大致断定，这就是理查德三世杀害「少年国王」与年幼胞弟的时间。
在莎士比亚的戏剧中，就连那些残虐不仁、奉命前去杀害两位小王子的恶徒，在说起暗杀过程时，也不禁泣不成声。
在戏剧描述中，两位小王子是在睡梦中被杀的。他们相拥而眠，脸上的表情天真无邪，嘴唇则像是绽放的玫瑰一般红润。枕头旁边还放着一本祈祷文。
看到这一幕，暗杀者起了恻隐之心，但是还是按耐住心中的悲悯，迅速的将两名少年勒死。
亨利七世阴谋论
除了「理查德三世阴谋论」之外，还有另一种说法，就是再下一任的国王「亨利七世阴谋论」。
理查德三世登基之后两年的一四八五年，他在博斯沃思原野战役中败给里奇蒙伯爵而战死沙场，里奇蒙伯爵继任王位成为亨利七世，从此宣告长达三十年的血腥战争（玫瑰战争）告一段落。
否定「理查德三世阴谋论」的人，主要的论点放在亨利七世即位后，曾向议会提出诉状，揭露理查德三世的叛逆之罪。可是，诉状中却丝毫没有提到理查德三世杀害两位小王子的事