很久很久以前，在人们还不相信有魔法的时代，有这样一个故事。
有个地方住着一位名叫蒂吉塔里丝的女性。
有人说那个地点是在法国东部的孚日地区，也有人说那里是英国西部的什罗普森林，确实的地点究竟在哪里，至今都还没有定论。
蒂吉塔里丝（毛地黄）是开着红紫色花朵的植物，是种对心脏病有相当疗效的草药，又有着「狐狸手套」的别名，但是，适量的草药虽然能强化心肌，然而摄取过量，则会产生心律不整而导致丧命，有很长一段时间，人们都将蒂吉塔里丝视为毒草，据说当时只有住在什罗普森林的老妇人会煎煮这种药草治疗病人。
正因为这样，蒂吉塔里丝变成了那位无名老妇人的绰号。
就连是否为老妇人，其实也没有切确的说法，在有些传说中，那名女性是名放荡不羁、惹是生非的女人，也有传说指出那是一名年轻的少女。这个故事就是如此模糊。
在十四世纪到十七世纪，欧洲掀起了一阵猎杀魔女的风潮。
据说被视为魔女的人几乎都是蒙受不白之冤，她们大多都是没有任何势力，靠着打零工过活的劳动者，其中有老婆婆、寡妇，甚至是村子里受排挤的人，许多无辜的人被单方面地判定有罪，最后遭到火刑，这就是猎杀魔女的真相。
但是，其中也有真正拥有魔力的人。
蒂吉塔里丝-佛朗马拉奇亚。
在迦他利十字狩猎骑士团多达十万行的抹杀名单中，有着这样的一个名字，她是一名善用火、能任意操弄共六万五千种程序代码的邪恶魔法师，据说她在被骑士团逮捕之前，已经夺去了十万人的性命。
而到了二十世纪初，原本应该已经死亡的蒂吉塔里丝再度于历史舞台上现身，并且为欧洲带来一番动荡。
有人认为那是她的亡灵而感到畏惧。
也有人认为只是假借蒂吉塔里丝名义的骗徒而一笑置之。
唯有卡罗尔-克里斯特伯尔特深信蒂吉塔里丝复活了，他投注人生的一切与其交战，卡罗尔触犯禁忌以换取强大的魔力，就算因此被罗马教廷放逐也要与魔女继续战斗，最后卡罗尔将这名世纪魔女赶出欧洲，接着追到极东的岛国将她消灭。
据说蒂吉塔里丝是利用魔法进行转生。
没有人知道这个故事有多少是真实的，唯一可以确定的是，那名自称蒂吉塔里丝的魔女一直存在于人类历史的阴影当中。
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久违已久的东京，面貌与过去改变了许多。
在数寄屋桥十字路口的摩天大楼屋顶上，尚杰克-吉尔伯特斯目不转睛地注视城市中沉淀的程序代码。
放眼所及的地平在线都建满了无数的建筑，城市中看不见任何烟囱，大气十分清澈，然而刺激性的微粒却刺激着喉咙，车子与人虽然远比以前要多，可是生命散发的力量却不增反衰，那种感觉简直就如同冰块融化后，被水稀释的冰茶一样。
卡罗尔-克里斯特伯尔特与其协力者姉原研十郎，和那两名魔法师一番死斗之后败北离去，是距今正好一百年前、在这座城市发生的事情。
胜利者早已在许久之前便于地底长眠，而现在阻挡在吉尔伯特斯面前的，是一群继承了他们血统的年轻魔法师，在经过百年的岁月之后，要和继承同样血统的后代，在同样的城市再战，实在十分讽刺。
吉尔伯特斯认为命运真的是很巧妙，如果被克里斯特伯尔特与研十郎击败是命中注定的，那现在会和其后代对立，或许也是命运吧，而战斗的结果将全归有力的胜利者所有，这也是命运。
话说回来，那令人可恨的克里斯特伯尔特，也有用一只黑猫当使魔呢。姉原的血统、克里斯特伯尔特的血统、黑猫与双蛇魔杖，所有相符的事物都聚集了，只差没有在这里的大魔女——蒂吉塔里丝-佛朗马拉奇亚。
吉尔伯特斯是用一百年前的记忆建构起来的。
吉尔伯特斯他身为人类的身分，或许可以说是已经死亡了，一百年的岁月对以血肉构成的身体来说，是早该灭亡的时间，热血带来的热情并不存在于吉尔伯特斯体内，他之所以会在此活动，既是宿命，也是命运，拥有巨大力量的魔法师对世界造成撼动时，便会成为巨大波澜的一部分，也可以说自己就是波澜本身，如果世界上存在着司掌死亡的魔物，那吉尔伯特斯正是那样的东西。
在吉尔伯特斯的意识与这个世界连接的程序代码雾散之前，无论如何都要得到魔女的图书馆，那本魔法书记载了大魔法师蒂吉塔里丝穷毕生心血所收集的程序代码，同时是自己在一百年前没能得手的魔法师至宝，为此就必须解开克里斯特伯尔特付出生命所设下的封印。
双蛇魔杖是一根为了打倒蒂吉塔里丝而创造的魔杖，那是以在萨尔斯堡的战场上吸过六百六十六名士兵鲜血长大的合花楸为媒介，将其泡在六百六十六名司祭花费六百六十六天持续祈祷所选出的神圣银料当中，融合两者而成的，克里斯特伯尔特便是使用这柄魔杖成功封印了魔女图书馆。
要同时对付姉原美锁和另一名魔法师没有那么简单，吉尔伯特斯的力量并不完全，而且也已经快要没有时间了。
吉尔伯特斯感受着这座城市的程序代码。
然后，他发现了一个百年前所没有的全新程序代码，那是将吉尔伯特斯从沉睡中唤醒的程序码，是靠着百年前不存在的机械文明创造出来的机械程序代码，而那也是能让他感受到研十郎气息的程序代码。
如果这个程序代码是姉原美锁的，那么或许就有能够商量的余地。
敌人是要一个一个打倒的东西；目的是要一个一个达成的东西，一百年前，就是因为同时与两名魔法师为敌，最后才会失败，那件事对吉尔伯特斯而言，也是一个难以抹灭的教训，就算对手是像兔子一样无力的新人魔法师，自己也不能再次