战的波普将军，肩负起联邦军的指挥权。他反倒将此危机视为良机，派遣了使者前往各地企图整合军队，并无视于联邦政府的首都防卫命令而动员了所有可用的军力。
无论哪一方，在身为总司令的政治领袖以及军事指挥官之间，对于意见上都有着决定性的分歧，因此这次会战本身也可以说是因为两军的独断所引起的。
克劳塞维茨曾在著作中提到，战争中的最高司令官最不可或缺的能力并非军事知识，而是「优秀的智慧以及强硬的性格」，而联邦的政治领袖林肯总统正兼具了这两种特性。虽然他仅有率领一支中队参加过原住民讨伐战争的参战经历，不过他其实是这场战争中资质最为优秀的战术家，与那些只是在西点军校里将约米尼或是马汉的战略思想照本宣科的将军们完全不同。林肯对于一个战争计划的全体有着明确的构想，他策划着该如何运用北方所拥有的军事优势——优势兵力以及海军军力来进行战争：为了贯彻这个计划，他甚至不惜违背自身信念，建立了几乎近似独裁的政权。林肯精确地看出这是场基于政治目的所产生、而本质其实是侵略行动的战争。为了达成上述目的，比起先占领领土，早一步包围并歼灭敌方的野战部队更为重要。因此他也体会到如何有效地运用拥有优势的海军战力，将会是本次战略的关键所在。
他命令老将温菲尔德。史考特所拟定的制海作战「长蛇计划」就是最好的例子。
以占有压倒性优势的海军封锁港湾，使得南方邦联的经济逐渐紧缩，再藉由局部战斗所获得的战术上的胜利来牵制支持南军的各州：而趁着这段期间完成整备的正规部队，则是以密西西比河为界线，将敌方的野战部队分散、包围并加以各个击破——从现在的军事观点来看，这是非常正确的做法，也是这个时代的战争指导者心中的最佳选择。而不幸的是，林肯直到最后，都无法找到能够理解这个战略的民众，以及可以忠实执行这个计划的军人——反倒是约瑟夫。琼森或是罗伯特。E。李等优秀的敌军将领，才能够对其本质予以做出正确的评价。
正如同民众惯有的表现，联邦的民众比起从政者还要更加好战。他们希望可以尽快对南方邦联的中枢施加毁灭性的打击，藉此让战争一口气终结，当时的报社老板以及记者这些媒体们也积极提倡这样的论点。在这样的环境下，将军们也基于包含政治野心的动机，经常拒绝总司令官——也就是总统的要求。每当局面到达以军事观点而言已经进入决定性的关键时，他们却始终采取消极的行动，导致自己的职位遭到撤换，由更加无能的将军走马上任——这种对于主政者而言，毫无用处的试误行为就这么不断地重复上演着。
像是麦克莱伦这样无视于防卫首都的命令，集结全军前往决战地点的做法就是最具代表性的例子。先不论从纯军事的角度来看这样的选择是否正确，在他写给爱妻的信中曾经提到：「只要能以一次会战就歼灭掉南部反叛军的话，我应该会被选为再次统一之后的祖国的总统吧．」由此可以明显地看出来，他下达这种军令的动机包含了部分政治野心。诸如此类的情形，证明了当时还处于摇篮期的民主主义，实际上还是依附在群众主义之下——也就是说，只要谁能成功地煽动民意，谁就可以掌握政治的主导权。若要从这种不成熟的政局里寻找根据，那么其实林肯本身就是在这种稚嫩的政治之下选出的总统，而他的政治权力其实是来自于对民众的号召力——说穿了，就是他在煽动民众这方面具有卓越的能力。由这一点看来，或许林肯的当选应该说是情势所然吧。
军事的正当性因为政治的不成熟而受到挫折、扭曲，造成兵家必须从政治上的动机拟定战略，却自始至终都受到政治状况的束缚，终究无法达成原来的目的。这样的构造至今仍是一成不变，令人不禁想起「战争无非是政治藉由另一种手段的延续」这句话。这是克劳塞维茨在「战争论」里的论点，即使有着反讽的意义，却依旧被当作是至理名言流传至现代。而这个事实是以相当讽刺的形式被发现的，那就是南方邦联的军方在战场上的决策弥补了政治上的稚嫩。
南方邦联的总领袖杰佛逊．戴维斯总统喜欢吹嘘自己是公认拥有丰富军事素养的人物，再加上他相貌堂堂，因此是一位受到民众欢迎的政治家，但是他却不接受同样受到民众信赖——在将来可能会成为自己政敌的前述智将们所提供的建言，反倒采用像是布瑞克斯顿。布瑞格或是「大骗子」毕瑞嘉这种只会要嘴皮的无能之辈的意见——换句话说，他根本就不懂军事。由此便可知道他不是个应该在战时就任的政治领袖了。他因为初期得到的几场胜利而雀跃万分，认为如此一来就能证明联盟国的优越性：而北方的人民也只是基于政治上的分裂，获得其它国家的承认而完成「独立」的「暴徒」。因为他陷入这种只以主观愿望作为依据的乐观主义，反而对于可以轻易预料到的制海行动毫无防备。不只是因为他依照自己惯用的停止出口理论，把应该拿来填补战争经费的大量棉花留在手边，他还天真地认为欧洲会自行突破封锁线前来进行贸易。这种少一根筋的乐天性格，证明了他根本就是个外交生手。
强斯顿曾向他建言，说不应该让联邦拥有充裕的时间组织大规模的侵略部队，因此必须一口气将宾夕法尼亚州攻打下来：然而杰佛逊并未采用他的说法，而是主张应该采取守势进行持久战。这种主张或许无法断言是一种军事上的错误——在欠缺决定性的决战能力这一点上，无论是南方邦联或北部联邦都是相同的。相较于标榜主权在州的南方邦联，林肯这种兼具强烈国家主义风格的政治根基，总是成立在各州局势岌岌可危的政治均衡之下。考虑到这一方面，或许就无法否认戴维斯在政治上做出了正确的选择——然而在必须承担战争现实的将军们的眼中，难免会觉得戴维斯这位政治领袖那种奇怪的乐观主义是不足以信任的。
原本用兵稳健的强斯顿，却提出攻打宾州这种可说是投机取巧的作战，而且他的盟友李将军也跟着付诸实行，其背后无疑存在着对于己方阵营政治领袖的失望以及挫折感。先不论军事将领想在战地弥补政治缺陷的想法究竟是对是错，事实上至少在这个时候，南方邦联的胜机就仅存于这一场战役之中。
要是从这个政治目标来看，原本应该防卫领土的阵营以闪电攻势赌上仅有的胜机，而站在侵略立场的阵营则是予以迎击——这种在政治上相当讽刺、军事上却是理所当然的状况，显示出应当作为政治手段的军事力，只需凭借着独自的政治判断就有满足胜利条件的可能，这又是一种基于讽刺的原则而形成的决定性情势。
为了进行哈普斯渡口包围战而将自军分散开来的李将军，派遣史都华率领的骑兵队去防守侧面，然后让主力部队开始渡过波多马克河。他以局地战牵制联邦军残存的小型部队，尽快让结束包围作战的杰克森部队北上，设法在麦克莱伦抵达之前完成会师。结果这个以最大风险实行了毛奇的「分进合击」理论的赌注勉强成功了。杰克森的四个师团在十六日的下午完成会师，而联邦军的先头部队出现