当一扇门关上时，另一扇门就会打开；但是我们却如此长时间地凝视着关上的门，并且对此过分遗憾，以至于看不见那些已经为我们打开的大门。——格雷汉姆·贝尔
科学中有魔法。不过，魔法中也有科学。要用一个词形容奇异领域理论是怎样的学问的话，那就是奇迹。——九十九伊月
世界历四年。科学家西条古人用覆盖世界的奇异领域进行了『奇异领域的奇异点』的实验。朝世界国家第一大学发射的十几万发反物质导弹被展开的『湮灭无效化』消除，随后第二次『奇异领域的奇异点』到访了世界。由此产生的死者、牺牲者共计零名，也没有发生上次那样的大陆变形，因此只有一部分科学家注意到了这件事。
实质上，虽说没有产生人员伤亡，但作为向世界国家第一大学发射十几万枚反物质导弹，又展开大规模奇异领域迫使世界国家日本的约半数国民前往避难的主犯，同时还造成了大学特殊警备队大量的牺牲，西条古人就算再怎么特殊也触犯了叛国罪。
但是，他从西条研究所消失之后，虽然被世界范围指名通缉，日本政府也全力追踪，但连一条显示他所在地点的线索都没有。
熟悉他的天川理璃说，即使放着不管，总有一天他会反过来告诉大家他的所在。他的目的是探究真理，为此而进行的实验必将对世界产生影响。西条古人会和前所未有的大实验一起再次出现在我们面前。理璃做出了上述不吉利的语言。日本政府会红着眼睛追踪他也有道理。
第一次『奇异领域的奇异点』大幅度改变了世界和科学的历史。
那么，一眼看上去没有什么大区别的第二次『奇异领域的奇异点』又给世界带来了什么呢？
「嗨，学生，你紧张吗？」
理璃走近世界国家第一大学某讲堂的休息室，向在室内无意义地走来走去的贤悟说。
「我怎么会紧张。不过是些地里的南瓜和萝卜而已。」
「大谎话。」
清十郎悄悄靠近，从后面踢了一脚他的膝盖。紧张得两腿僵硬的贤悟立刻华丽地摔倒在地。
「可恶。清十郎你什么时候进来的？而且本大爷不是反复说过不要来吗？你该不会是来看本大爷笑话的吧？」
「来打个招呼。你以为是谁害得我在大学特殊警备队的拘留所里待了整整三天啊？要是没有天川老师，我估计就要被扭送到日本政府去了。」
清十郎在那个事件之后被当成西条古人的共犯被大学特殊警备队拘捕，接受了讯问。理璃和『Singularity』的干部交涉，以提供这次『奇异领域的奇异点』的解析结果为条件，将他释放。
「哎呀，别这么说。那之后本大爷也在忙各种各样的事情啊。」
「基于奇异领域理论的新理论的考察这种事情可以往后放一放吧。还没到忙的时候吧？」
贤悟那时像是着了魔一样开始写作新理论的论文，把留在中央警备基地的朋友忘了个精光。
「就是啊。要不是我问起，他估计永远也想不起来。」
坐在房间里的椅子上的彩世也表示同意。
「真是的，这种事情只能说你是在最后掉以轻心。光是看着就替你难为情，简直就是在要求接下来进行斯巴达式知道嘛。」
「唔、唔唔。可恶，这就叫做四面楚歌吗？加奈，快帮忙！全力维护本大爷！」
贤悟不禁向他律型人工智能机器人求救，但是那个只会听从命令的她已经不在了。
「为了让您不再忘事，把电极插进脑子里试试看吧。说不定是因为思考程序出了毛病。」
清十郎二话不说同意了。
「嗯，说不定会死，不过也应该杀一回试试了。」
「别说傻话！人的脑子里怎么会有思考程序！那种实验太疯狂了！」
面对大喊大叫的贤悟，加奈面无表情地用缓慢的动作得意洋洋地摆出V字手势。
「V。」
「V你个头！」
贤悟已经无法用以前无数次对自己说的那个借口来压制愤怒了。因为，现在的加奈不是他律型人工智能机器人。她的人工智能中确实存在着意识。这件事等同于奇迹，但很难说这一切都是偶然。本来，贤悟制造他律型人工智能机器人地目的就是进行将妹妹的意识固定在那里的实验。
贤悟和天川理璃一样，认为由于第一次『奇异领域的奇异点』，妹妹的意识去到了别的地方。而且，他建立了意识会和身体互相吸引的假说。在『奇异领域的奇异点』中，妹妹失去了身体，只有意识残留下来。那么，如果准备出和妹妹失去的身体相似的东西，就能意识固定在那个相似的身体上。
这个假说不能说全部正确，不过从结果上，在第二次『奇异领域的奇异点』中，他律型人工智能机器人中固定上了意识，贤悟的实验也就成功了一半。剩下的一半就是要证明那真的是妹妹的意识。即便真的是妹妹的意识，加奈的他律型人工智能中也没有妹妹的记忆。贤悟在第一次『奇异领域的奇异点』中听到了妹妹的声音，于是认为记忆包含在意识中。但是现在，加奈却只有原本保存在他律型人工智能中的记忆。而现在的科学水平无法只靠意识辨别一个人。不过，由此能够证明一件事。
意识存在于世界的外侧。
也就是说，天川理璃的假说是正确的。
「那么，差不多到时间了。去和世界打个招呼吧。」
理璃用即将开始恶作剧的小孩子般的语气说。
贤悟点头，离开休息室。他在今天，将通过理璃