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在『伊苏Ⅲ』的冒险之后已经过了一年的时间。现在已成为二十岁青年的勇者亚特鲁，在得知『幻化都市凯芬』的传闻后，与好友多奇一起远渡重洋来到了阿夫洛卡大陆。
亚特鲁在那尔姆王国最大的港都山多利亚，与女首领莉洁率领的『那尔姆使徒团』交手，赶走了他们。狐狸脸的男子蔡特看上了他的身手，将他引荐给山多利亚的大商人多曼。亚特鲁从多曼那里得知、要解救身陷沙漠化危机的那尔姆，需要有凯芬的『贤者术』，他接受了多曼的委托，去寻找前往凯芬所必要的五个结晶，又从多曼那里收下冒险者史坦在三年前带回来的光结晶『露米那斯』，但却被同样在收集结晶的伊布尔一家抢走……
在失意中再度出发的亚特鲁，在佛蕾丝妲村的洞窟中找到被冰封的凯芬秘贤者佛蕾丝妲。在她手上有个手环，里面封入了保护她的魔人。魔人对亚特鲁做了试练，最后让亚特鲁戴上了具有电击魔力的手环，与魔人一同展开了冒险。
前往拉姆森的亚特鲁，在那里又遇上了在山多利亚照顾史坦养女妮娜的美女玛夏，从她那里得知了结晶的情报。之后亚特鲁在前往榭贝遗迹的路途上得到土结晶『堤迩』，但是又再度被伊布尔一家抢走。后来水精灵妮得把水结晶『漂漪』交托给他，又从史特卡的师父、魔法使萨拉巴特那里得知结晶的作用及剩下两个结晶的所在位置。
经过了重重的波折，亚特鲁在西方的凯芬遗迹中，从犬人族那里取得火结晶『阿古尼』之后，在归途中偶遇自上空飞过的凯芬都市，更加坚定了他要前往凯芬的决心。