从前从前，在世界的某一个角落里，住着一个蛇发女妖。这个女妖的身体是由三个姐妹所组成的，其中两个姐姐都具有金刚不坏以及长生不死的魔力，只有最小的妹妹墨杜莎没有。
女妖的模样长得相当恐怖，她的头发是一条条的毒蛇；嘴里长着野猪般的獠牙；一双青铜色的手，一对金黄色的翅膀；浑身上下长满鳞片。更可怕的是，这名女妖还有副恶毒的心肠，任何人只要看见她们的容貌，都无一幸免地会被变成石头。由于所有看到她们的人全都变成了石头，因此有关她们的事，永远只能像个传说似地传着，没有人知道她们住在哪里，而她们也得以永远安心地存活着。
直到一天，一个名叫帕尔修斯的英雄出现了。他立志要剁下墨杜莎的头颅为民除害。
帕尔修斯是人类黛娜儿被暴君父亲关在高塔时，和前来慰借她的众神之父宙斯所生下的孩子。可怜的黛娜儿在生下帕尔修斯后，即被父亲驱逐出境，一路流浪到一个岛国，岛国的国王见黛娜儿美丽动人，想娶她为妻却被拒绝。心有不甘之余，于是便为难黛娜儿的儿子帕尔修斯，要他砍下蛇发女妖的头颅才肯放过他的母亲。
就这样，帕尔修斯便立下志愿，非除掉蛇发女妖不可。
这天，帕尔修斯来到了女妖经常出没的山区，苦苦找寻，却不知女妖究竟藏身何处。由于他的身分特殊，再加上勇气可嘉，智慧女神雅典娜于是要赫米斯等诸神，助帕尔修斯一臂之力。
神灵赫米斯借给帕尔修斯的是一顶隐形帽、一付青铜盾牌，以及一双能随意飞翔在天空的鞋子；女神宁芙则是借给帕尔修斯一个袋子，预备让他装下女妖的头颅。
就这样，帕尔修斯准备前往和女妖一决死战了。不过在这之前，他还得先去找另一个女妖格赖埃。因为在这世上只有格赖埃才知道蛇发女妖住在哪里。
话说格赖埃是蛇发女妖同父异母的姐妹。因此，格赖埃的身体事实上也是由三个女妖所组成的。所不同的是她们三人只有一颗眼珠、一副牙齿，所以，每次要看什么东西或吃什么东西时，三人总是抢着要拿眼珠和牙齿，把它嵌入自己的眼眶及嘴巴，再拿出来轮给下一个人用。
格赖埃在得知帕尔修斯的来意后，原本不肯透露蛇发女妖的住处，毕竟蛇发女妖算起来还是自己的姐妹，再有什么不对，总是不好胳臂往外弯。帕尔修斯见屡屡晓以大义，仍不能从格赖埃的口中得到期望的答案，最后只得使出杀手锏，威吓三人若再不说出蛇发女妖的住所，他将取走三姐妹共同的眼珠，让三人永远看不见东西。不得已之下，格赖埃这才透露蛇发女妖的藏身处所。
来到蛇发女妖的栖身之处，帕尔修斯格外地小心翼翼，准备随时和女妖一决死战。然而偌大的洞口，却不见里头有任何声响。帕尔修斯探了又探，才发现原来蛇发女妖此时正窝成一团在睡觉呢！
帕尔修斯想来个出奇不意的袭击，却发现怎么也看不清女妖们的脸，如此一来，根本没法准确地描准她们的头部。正感困扰时，突然手边拿着的向赫米斯借来的盾牌说话了。
「你是无法直接看到蛇发女妖面孔的，用这个盾牌去照她，她的面孔会清楚地映在盾牌上，看准后再接近，趁机会砍掉她的头颅。」
拜盾牌的提示所赐，帕尔修斯果然很轻易地就剁下墨杜莎的头颅。非金刚不坏之身的墨杜莎惨叫一声，血红的血液随之喷洒出来，把整个天空染得通红。妹妹凄厉的尖叫声惊醒了睡梦中的两个姐姐。看见妹妹的头不见了，同时颈部血流如注，两个姐姐顿时像发了疯似的冲出血雨，一边歇斯底里地大叫，一边扬长飞去，完全没有发现在一旁戴着隐形帽子的帕尔修斯。
待蛇发女妖盘旋离去后，帕尔修斯于是从容地将墨杜莎的头颅装进女神宁芙送给他的袋子内，再套上飞行鞋，轻松愉快地漫步在空中。
就这么走着跑着，还沉醉在方才除妖喜悦中的帕尔修斯，在行经衣索比亚上空时，不经意发现在衣索比亚沿海的一块岩石上，有个少女被绑在那儿。少女的模样非常美丽，引起帕尔修斯一阵心动，顾不得赶路回家，便冲到岩石去问个究竟。
一阵询问过后，帕尔修斯才明白，原来这位少女是衣索比亚国王的女儿，名叫安德洛美达。由于近来衣索比亚境内饱受海怪的侵袭，为了终止祸害，国王于是打算拱手把安德洛美达献给海怪，希望海怪能就此放他们一马。
「岂有此理，他们怎么可以这样对待你！」愤愤不平下，帕尔修斯心底「英雄救美」的念头亦冉冉升起，他决心要为安德洛美达解围，同时娶她为妻。
看着自己手上提着的墨杜莎的头颅，帕尔修斯心想，应该没有怪物不怕墨杜莎的，况且凡是看到墨杜莎面容的人都要遭到变成石头的命运，不如就拿这颗头颅来击退海怪吧！
于是，帕尔修斯决定要留下来陪安德洛美达，并等待海怪的出现。
等了好些日子，终于，海怪出现了，它张大嘴巴冲着就要向安德洛美达扑来。这时，站在一旁的帕尔修斯连忙自袋中取出墨杜莎的头颅，往海怪面前一伸，看见墨杜莎的海怪果然立刻就变成了石头。
看见有人要救走安德洛美达，衣索比亚国内的部分民众因害怕海怪再次找上门来，危害到自己的安全，说什么也不让帕尔修斯带走安德洛美达。僵持之中，帕尔修斯只得再拿出墨杜莎的头颅，往这群人的面前一摆，这群人果然也立刻变成了石头，一动也不动。这时帕尔修斯赶忙迅速救出公主，带着公主往回家的路上奔去。
回到家乡，帕尔修斯原想马上带公主去见自己的母亲，却发现怎么也找不到母亲的踪影。四处打听后这才得知，原来在他离开这段期间，母亲因无法忍受岛国国王波罗达格特斯的百般骚扰企图逃走，却被波罗达格特斯遣兵捉拿，如今已命丧黄泉。
伤心的帕尔修斯气愤之余，于是前往波罗达格特斯的宫殿，当场拿出袋中的墨杜莎的头颅，一瞬间，整座宫殿及国王的大军即刻都变成了一堆石头。
「哼！报应！这算是我送给你们的礼物！」帕尔修斯狠狠地扔下这么一句话后，怀着忿忿不平的心情偕同妻子离去。
拥有墨杜莎的头颅做武器，帕尔修斯及妻子从此本应该过着不惧危险、无忧无虑的生活，然而，事情却完全不是那么一回事。自从「帕尔修斯