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平诚二十某年。
是大日本国迎向产生巨大变化的时期。
延续四百年以上的德川幕府，制度变得老化、僵硬，缓缓地衰弱颓倾。
在社会上也出现了反应。民众对德川幕府与将军的不满难以弭平，各种抗争活动不断，幕府则采取彻底的镇压行动来对抗。
此时——
在武士学园的武应学园，拥护丰臣的武将们逐一现身。
这些人分别是真田幸村、后藤又兵卫、毛利胜永、明石全登、长宗我部盛亲……等。
仿佛要与她们展开对抗似的，德川派也出现许多的武将。
武士!
这些人继承了以往武将、剑豪的名号，也继承了他们部分刀法。
所有人都以十几岁校园少女的姿态现身。虽然姿态和容貌与过去的武将回异，但志向却完全相同。仿佛预告着关原之战、大坂之役即将再现。
柳生宗朗就读武应学园高中部一年级。
正如其名，他乃延续江户时代江户柳生家香火的嫡长子。
宗朗目前担任校园内的剑术道场教练。不知何时，那里开始被称之为“柳生道场”，有许多学生都这里学习剑术。以练习场来说，算是一个非常热闹的地方。
武应学园的学生会，又之称为旗本学生会，成员皆是以前德川家亲藩或谱代大名的名门子弟。
学生会长德川庆彦是德川一族的嫡长子，总有一天会承袭现在的将军义康之位，成为第二十六代将军。
对于校园内的反对派学生，旗本学生会将之逮补并流放。学生们将这种行动称之为“狩猎丰臣”，并感到非常恐惧。
反对学生会这种作法的宗朗，因而遭到学生会的攻击。
可是，此时却有一名少女从天而降。
柳生十兵卫如初生婴儿的姿态，怀里抱着大太刀，睡脸犹如赤子般安详。不过，当她一旦觉醒，就会成为可以发挥恶鬼罗刹般强大力量的“剑姬”。
那是因为她与宗朗之间的意外“亲吻”而造成的。
武士，或称之“武将”，藉由和“将相”订定“契”而成为“剑姬”，并能因此获得数倍的力量。
也就是说，对武士而言，“将相”是能量之源，并且正如其名必须奉“将相”为主，绝对服从。“将相”则是与“武将”订立契约，将武士视如左右手般使用，获得强大的战力。
这便是“将相”与“武将”之间的契约关系。
一旦订契之后，这份契约将永远存在，直到其中一方死亡为止。
可是，只有十兵卫不同，她平时明明是个爱撒娇的“妹妹”，只有透过亲吻的方式，“剑姬”·十兵卫才会现身。而且出现的时间也只有短短几分钟。
仿佛受到了如异端般的十兵卫吸引，幸村与又兵卫也现身了，连庆彦的亲妹妹德川千=千姬、以及其麾下的风纪委员长服部半藏等人，也在战斗后与宗朗订契，成为宗朗的“剑姬”。
甚至连学生会派来的刺客——直江兼续也是。
松平尊保担任旗本学生会秘书长的要职，可说是会内的第二把交椅，也是庆彦不可或缺的左右手。
尊保受庆彦之命，在反学生会大本营柳生道场里进行内部侦察、扰乱等各种活动。甚至必须视状况进行破坏。
最初他派出红发骑士达坦妮雅，再来则是兼续，接着派出列堂义乃。不过她的真实身分其实是里柳生总帅——柳生义仙。义仙还和庆彦订‘契’，变成了“剑姬”。
义仙原本打算设计宗朗，让自己所属的里柳生与表柳生统合起来，然而这个企图却因为宗朗与柳生道场“剑姬”们受到重挫。
御前比武。
原本是被当成例行公事而举办的学园格斗技大会。
庆彦却要求包括宗朗等柳生道场的“剑姬”们，全部都要参加御前比武。
如果宗朗等人胜利的话，校方对学生进行的镇压行动便会立刻停止，已被逮捕、放逐的学生们，可以提前获释，回到学校去。此外，有关学园、甚至是日本国发生异变的秘密，庆彦将会亲口透露。
反之，如果宗朗等人落败，宗朗就必须与庆彦缔结订“契”。虽然能与“将相”订“契”的只有身为“武将”的武士少女，然而——
“原因在于，我是地位凌驾于‘将相’之上的‘将军’。‘将军’可以和‘将相’订‘契’。‘将相’身为‘将军’的‘臣下’，就应该服从上司。就是这么回事。”
他的口吻一如往常仿佛若无其事，但是言下之意，却是指一旦宗朗成为庆彦的“臣下”，那么先前与宗朗订“契”的武士，也就是宗朗的“剑姬”们，也将尽数纳入庆彦麾下。
丰臣派的武士少女们眼见机不可失，随之现身。包括毛利胜永、明石全登、长宗我部盛亲，决定利用御前比武的机会，讨伐学生会长庆彦。
另外，还有藏身于胜永等丰臣派“剑姬”们背后的谜样人物。
因为双方的对立情感，割裂了宗朗与幸村的关系，她离开了宗朗身边，最后点燃了庆彦讨伐计划的引信。然后，御前比武将化为阿鼻地狱的血涡。
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“这，就是你们的……”
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