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龙崎萤介曾经是个以『普通最好』为信条的平凡高中生。
但在某天早上，他遭遇了完全不普通的事件。
当他打开更衣室的门，里面竟有一名素不相识的少女对他全裸敬礼！？
「下官是露诺雅薇尔上尉！
今日起从AAA第二特殊作战群、第四小队转任至此！」
这位少女说明自己隶属于秘密组织《反异界联合军（Alliance Against Alien）》，
是保护世界免受异界人侵略的异能士兵——铳剑姬（Gunswordia）。
而那个AAA的司令官竟然就是萤介的姊姊鹰音，简直是一连串惊讶的事实。
在鹰音的请托下，萤介不得不帮忙照顾露诺雅的生活起居。
之后萤介偶然发现了AAA与异界人正在争夺的《刻印银弹（Code Silver Bullet）》，也因此被卷入战斗之中。
为了保护被异界人伊维古开枪射击的露诺雅，萤介受了致命伤。
当萤介在自家床铺上再度睁开眼睛，对他递出刻印银弹的露诺雅如此说道：
「因为萤介大人的灵魂差点消失……
所以我将它封入银弹中了！」
没想到，萤介竟然就这样成了只要银弹不遭破坏就不会死亡的《不死人》。
经历两人与珂洛依以及美砂之间引起的几段骚动……
正当伊维古再度来袭时，萤介找回他长久被封印的幼年期记忆。
他与露诺雅携手合作，总算击败了敌人。
萤介与露诺雅为了修理铳剑，被叫到AAA的基地，
而且是以「只有二年级突然参加临海校外教学」的形式。
正当露诺雅在海滩玩耍时，亚洲中央区域军的林美琳少校忽然现身，对她提出挑战。
林美琳是年仅十岁就获得铳剑姬名号的天才。
因为过去的心灵创伤遭到利用，变得对黄司令言听计从……
在与巨大异界人凯克洛普斯的战斗中，萤介告诉美琳：
「美琳，成为能抬头挺胸面对已故好友的自己吧。」
对过去事件释怀的美琳，最后与露诺雅合力击败了巨大异界人。
萤介与同居的露诺雅、珂洛依、娜娜以及美琳在美砂的邀约下来到游泳池。
然而就在此时，露诺雅等人的前队友菲雅，
竟被异界人迪古斯操纵，袭击了AAA南美区域军的旗舰。
迪古斯的目的是获得《刻印银弹（Code Silver Bullet）》。
面对敌人压倒性的强悍，无力反击的AAA终究只能让银弹被夺走。
最后剩下的银弹，只有萤介手中的两颗……
而就在萤介眼前，银弹竟变成了一名自称希儿芭雷特的少女。
也许是因为就近感受到萤介的灵魂而产生感情，她警告萤介最大的危机即将到来。
露诺雅一行人接着迎击来袭的迪古斯。
虽然最后辛苦击败敌人，但大家也身负重伤，且与异界相通的门终究还是敞开了。
就在众人皆为这最糟的结局哀叹时，唯独鹰音的表现不同。
她看着倒在血泊中的龙崎萤介，以及失去后半枪身的统剑（Gunsword）<零式（Zero）改>,
竟如此说道：
「在这场战斗中，我们所获得的——
是真正的刻印银弹（Code Silver Bullet），以及圣人的存在。」