小男孩鼓起微弱的勇气，带着强烈的渴望，在地下行走。
总是等着迎接小男孩的少女，双唇虽然隐蔽在昏暗的灯光下，却看得出来在微笑。
少女绿色的双眸闪烁着微弱光芒，在幽暗的地下道上下起伏。相同颜色的头发，诉说着这双眼睛的主人不是普通人。少女是由机械电路组成的，拥有人形。
少女与小男孩正在天花板灯影稀疏的狭窄地下道里行走。在机械少女身旁低头缓步的，是一名年幼的男孩。他是活生生的人类，一头柔亮的金发，足见他家境良好。相对于少女从未从前方挪开视线，小男孩就显得局促不安许多。
离开地下到达开阔的地方之前，总是这样。
这里是位于东京地底、连接点与点之间的线——地下道。为了从避难的防空洞逃离令人窒息的地底生活，小男孩他们偶尔会在地下道散步。小男孩与机械少女以前经常待在一起，但现在大人已经不允许他们这么做。
一同避难的男孩双亲，不准他做出这种轻率的行为。无人整备的地下道危机四伏，或许哪天地上的人会带着武器闯入。
地上应该还在打仗。国家这种组织已泰半失去功能，所以人们来地下设施避难。小男孩他们是离开原本居住的土地、搬到这里没多久后，才开始避难。搬家理由是有人通知他们近期将有大规模的人祸发生，所以他知道会打仗，但这场人祸的规模超乎他的想象。
烽火连天，战火连避难处都吞噬了。小男孩的家人失去了家。一方面因为他们才刚搬过来不久，但更大的问题是与小男孩在一起的机械少女。
以某一天为分水岭，不可思议的异象席卷全球。一股力量对所有机械超乎寻常的干扰，将人们的生活搞得乌烟瘴气，点燃战争的导火线。连市售的人型机器人也没能逃过这波对机械的干扰。人们害怕不再正常运作的人型机器，不断破坏，连机械少女也不例外。
但这些机械的叛乱，现在已经弭平。若机械不静下来，恐怕连地下防空洞的生活都难以长久。关于机械静下来的原因，各式谣言满天飞，全都是无法追根究底、无凭无据的传言。在这些谣言里，有这么一则说法——
不知是谁寄出的简讯，让末日稍稍延后了。
意思是，在电话无法打通的情况下，有人实际收到了简讯。
自称星命教的宗教团体，大肆宣扬是他们献身守护星球的行为阻止了毁灭，成功吸引到不少人的关註，但也有许多人认为那并非真相。
就这样，将大街小巷闹得人仰马翻的失常与混乱，唐突地开始、错愕地结束了。
但在机械失控的混乱平息的现在，人们对人型机器人的怀疑仍根深蒂固。
因此，在做为避难所的防空洞内，人型机器人要与人一同居住是很困难的。
所以，机械少女每天都在地下道散步，与小男孩分开生活。
小男孩跑出防空洞，很大一部分的原因是要来见这名少女。
「你平常都在做什么呢？」小男孩问机械少女。
少女回答：「在散步。」但对年幼的男孩而言，这个字还太难。少女见到小男孩的反应后，目光闪烁，换一个完全不一样的说法：「在探险。」
「我在搜集地下道的资讯。」
万一发生什么事，机械少女自然要保护主人，也就是这名小男孩的人身安全。在防空洞及地下设施遭遇危险时确保避难路径，也是它巡逻地下道的理由之一。机械少女推测的危险，不只是来自外部的入侵，还包含在地底生活的人们爆发的冲突及意外。
在机械少女的纪录中，机械失控后，暴民也随之而生。
两人在地下道的边缘，遇到一群沿着墙壁飞奔的老鼠。小男孩不由得停下脚步，缩了缩身子。机械少女站在老鼠与小男孩中间，等待小动物们通过。
为了生存而放弃地表的，不只有人类。
鼠群通过后，机械少女将手抵在小男孩的背上，催促他前进。男孩的脚步很沉重，他边走边想起自己被父母骂的回忆。
小男孩问少女：
「躲在防空洞里，真的就安全了吗？」
少女听小男孩这么问，露出迷惘的表情。
「……不晓得。」
机械少女说出与机器不相称的含糊回答。防空洞是以抵御来自外部的攻击为目的而建造的，至于内部被入侵时的防卫，则需要人手。这里有足够的人吗？在机械少女合理的思考中，答案是否定的。因为能战斗的人都被派去打仗了，没有留下。
少女无法判断。假设这里绝对安全，它应该会让小男孩继续待在这里。但它不知道答案。既然如此，机械少女唯一能依循的便是小男孩的想法。
只要小男孩希望，少女就会陪他一起行动，前往任何地方。
不论离得多远，机械少女都会飞奔到小男孩身旁。
就程式而言是这样没错，但是……
机械少女望着男孩的眼中，有着不仅仅是人工打磨出来的美。
小男孩与少女来到一座过去曾使用的地铁月台。为了方便人们等待，这里还摆了一些长椅。尽管地道的距离并不长，小男孩还是因为封闭感而疲劳，他坐在长椅上大口叹气。少女也拍了拍长椅，坐在小男孩身边望着他。它的表情没变，但视线中混杂一丝守护小男孩的决心。
与防空洞内相比，这里的空气闻起来并没有特别不同之处，但离开了人群的气息、吸入大量冷空气，让小男孩多少放松一点。他那坐在长椅上时勉强构得到地板的脚尖，一直不厌倦地踢着地面。微弱的足音传遍连昏暗光