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世界因为深海栖舰突然出现而逐渐步向灭亡。
中尉以驱逐舰的船员身分出海，搭乘的船却被战舰RU级击沉，不仅失去了挚友岩柱，自己也受了重伤。就在他抱著一死的觉悟时──九九舰轰出现在头上，轰炸攻势赶走了深海栖舰，迫使其撤退。
这就是他与在海上拈弓搭箭的美丽少女──瑞凤的相遇。
她是「舰娘」，看起来虽然跟人类没两样，却是不同的存在。据说舰娘能够装备舣装，拥有对抗深海栖舰的力量。
之后，中尉被总司令官拔擢，以菜鸟少校的身分被任命为镇守府的提督。
因为各种状况导致第一天到任就迟到的提督，为了维护部队的纪律而决定处罚自己跑步。尽管他累得差点没了命，认真的态度却博得舰娘们信赖。
接著，虽然长门等人一开始觉得不妥，但提督仍以活用航空战力所编组的舰队获得了成果。
作战「亚号舰队决战」──
提督充分反刍交战纪录，以熟练度高的长门与陆奥为舰队核心，佐以标准航母赤城，再加上瑞凤编成舰队。
对自身实力没信心的瑞凤虽因此躲在房间内不肯出来，然而提督想方设法说服了她。
「我知道了，我相信自己！提督也请相信我。」
在惨烈的战斗之后──互相信赖的提督与舰娘们击破敌军中枢舰队，深海栖舰因此撤离作战海域。
在那之后，镇守府过了一段平稳时光……
作战命令「北方海域舰队决战」发布。
一开始提督让扶桑等人出击，但由于熟练度不足而以撤退作收。糟糕的结果让加贺无法忍受。
尽管加贺说了「下一次由我去」……却因为她重度战损撤退导致作战失败！
加贺必须长期入坞保修，提督于是拜托五月雨代理秘书舰一职。
五月雨是个经验丰富的老手舰娘，也是个认真的好孩子──可惜就是笨手笨脚。
期间甚至发生了她在打扫司令室途中因为打翻水桶而弄湿全身，脱掉衣服准备拧乾时，不巧碰到提督回来开门撞个正著──这样的意外事件。
另一方面，瑞凤则因为「想做提督喜欢的煎蛋卷，给总是忙到很晚的他吃」而努力奋斗著。
瑞凤请教矶风和比睿，做出了相当不得了的神秘物体……最后在凤翔和三日月的指点下完成了美味的煎蛋卷。提督也非常高兴。
此时，作战「冲之岛海区战斗巡逻」发布。
由于主力加贺等人前往执行「北方海域舰队决战」任务，提督因而编组了以瑞凤为旗舰的第二舰队。
瑞凤、龙骧、羽黑、古鹰、岛风、五月雨尽管打得吃力，但她们仍击破了再度于冲之岛海区聚集的深海栖舰。
之后──
完成作战报告的提督晋升为中校，一切看似进展顺利。然而总司令官同时也警告提督「不可扰乱风纪」，提督则敬礼回应：
「我明白，并不会因为我个人的感情因素而减损战力。」
而瑞凤偶然间听到了这段对话。