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突如其来出现的深海栖舰，导致世界逐渐步向灭亡。即使是最新型的雷达也无法探测深海栖舰，大型火炮起不了作用，人类在无法对抗的情况下失去了海路与空路的控制权。
中尉以驱逐舰船员身分出海……搭乘的船被战舰RU级击沉，不仅失去了挚友岩柱，自己也受到重伤。就在他觉悟一死时，九九舰轰出现在头上，轰炸攻势赶走了深海栖舰，使其撤退。
中尉看到在海面上引弓搭箭的美丽少女。
那是他与瑞凤的相遇。
季节来到樱花季──
在神秘的九九舰轰支援下奇迹生还的中尉，被总司令徵召来到总司令部，并因为「看得到那个」而被拔擢成为镇守府的提督。
升官成为菜鸟少校的他，以提督身分造访镇守府。
在到任之前，提督被九九舰轰的声音吸引来到演习场，再次与海上的少女相遇。
「我是瑞凤！虽然是轻型航母，但只要能提升熟练度，就有机会如同标准航母那样活跃！」
她自称为舰娘。舰娘看起来尽管跟人类没两样，却是不同的存在，据说能够装备舣装，拥有对抗深海栖舰的力量。
因为手表坏了，提督到任时严重迟到。
在司令室等待他的是标准航母加贺，虽然态度稳重且貌美，却是个有著彷佛老练士兵锐利眼光的舰娘。
为了维护部队的纪律，提督决定要处罚自己跑步。
虽然是要绕镇守府跑九十九圈的严苛罚则，但他的个性认真。镇守府的舰娘们有些兴致勃勃、有些担忧、有些为他打气。尽管差点没了半条命，但他还是跑完全程。
加贺虽然傻眼地表示「做到这种程度究竟有什么意义？」最后仍报以温柔话语。
纵使手法拙劣，中尉似乎依旧博得了舰娘们信赖。
隔天起，加贺就以不是秘书官，而是秘书「舰」的身分，教导提督许多事情。
让他看了许多战斗纪录，也带领他到工厂……
这座镇守府似乎有一位前任提督。看来前任是在重要的作战中为了保护严重战损的舰娘，选择了「撤退」而导致作战失败，因此事后被究责遭到撤换。
提督为了不重蹈覆辙而打算加强航空战力，却遭战舰长门反对。
尽管她理解舰载机有用，但仍抱持「这座镇守府的舰载机对深海栖舰不管用」的想法。
在这样的情况下，总司令部发来任务。
作战名称「亚号舰队决战」──跟前任遭到撤换的任务几乎相同。
提督考量过去的纪录，以熟练度高的长门与陆奥为舰队核心，并加上标准航母赤城以及瑞凤编组成舰队。
对实力没自信的瑞凤虽然因此躲进房间不肯出来，但提督想方设法说服了她。
「我知道了，我相信自己！提督也请相信我。」
执行作战──
与众多敌人对抗之下，许多舰娘中弹，瑞凤甚至来到重度战损边缘……
在苦战之后，终于击破敌军核心舰队，击退了作战海域的深海栖舰。