一切均由此地揭开序幕。
香川县高松市佛生山……过去曾是一个闲静的地方都市，到了二○一五年的现在，则已沉没于巨大湖泊的湖底。
这座宛如用圆规刻画而成的正圆形湖泊，直径长达五公里，中央水深则超过一公里以上。大小及形状几乎都与日本最深的湖泊……位于秋田县的田泽湖一模一样，不过水深则超过一倍……而这座极不自然的湖泊，是在二○一二年的“大破坏”之后，才出现于日本国土之上的。
大破坏……在那一天，无人知道究竟从何而来，事后被称为“敌对少女”、拥有压倒性破坏力的十二名机甲少女们，同时对日本全国各地发动激烈的攻击。不对，严格说来应该不算是“同时发动”，因为在首都东京遭受袭击之前，这座小小的地方都市就已率先遭到攻击，且比国内其他任何地方都还要早。
如今，这里被称为GROUND．ZERO(爆心地)……以生锈的铁条及瓦砾所堆叠而成的无名墓碑，绵延不绝地散布于湖畔四周。一名挥动着蓝色羽翼、任由蓝色长发随风飞舞，身材高佻的敌对少女．伊=恩朵拉，曲天际降落于泛着琉璃色的水边。将一把巨大长剑如同十字架般背于背上的恩朵拉压低纤长的睫毛，目不转睛地注视着平静的水面。
湖水呈现出深邃的蓝色，偶尔还会有小鱼活力十足地跳出水面，在水深较深一点的地带，则依稀可见身长数公尺的巨大鱼影缓缓来回游动。杳无人烟的GROUND﹒ZERO如今充满大自然气息，极端平稳安详。
“毫无异常状况……跟九年前一样，没有任何改变。丝瓦蒂的担忧果然只是杞人忧天罢了。”
恩朵拉转动身子，背对着巨大湖泊。就在这个时候……原本平静的水面突然缓缓掀起阵阵波浪，湖泊里的湖水竟开始旋转了起来。
“这……这是怎么一回事？”
面对转速逐渐增快的漩涡，恩朵拉只能不知所措地伫立于湖畔。同一时间……百余名少年少女呆坐在东京湾沿岸。
耸立于地平线另一端的巨大要塞，如今正不停冒出赤黑色的浓烟。那是之前被称为“BEGATOPIA”的要塞……而在过去和平的时代，那里原本是综合IT企业“BEGATE”所创设的体验型主题乐园。在日本政府组织彻底垮台之后﹒此地召集了一万多名“获选”的少年少女，并利用主题乐园里面的设备设立了“BEGATE学院”，对这些少年少女进行教育。据说其目的……乃是为了复兴日本，以及防卫其他国家的侵略。
BEGATOPIA因为受到多国联军的攻击而崩溃。可是多国联军也遭到BEGATOPIA事先暗藏于位在东京地底的巨大空间……首都圈外围水道当中的量产型机甲巨兵所发动的反击，而全军覆没。
而今，一股宛如宣告昨晚那场激烈战斗从未发生过的寂静气氛，正笼罩着东京湾周边。那里聚集着一群身穿BEGATE学院制服的百名少年少女，他们原是BEGATOPIA的“学徒兵”。少年少女们每个人身上都或多或少受了伤，而且相当地疲惫不堪。
十六岁的吴羽静矢此时背靠着一块碎裂的水泥石块，坐在湾岸旁小睡一番，手中还紧握着一把枪身早已布满凹痕的手枪。这把枪名为狼牙，乃是BEGATOPIA利用玩家们在线上游戏平台所留下的改装资料，将原本只在BEGATE所营运的线上游戏(也就是BEGAME)当中登场的枪枝，开发制造而成的实体枪械。
蜷缩在他身旁睡觉的老吉娃娃﹒恰克，则是他最忠实的朋友，这一路上都与静矢生死与共。它戴着眼罩，耳朵留有一道伤口，身上毛发蓬松零乱，蕴涵着一股老练战士特有的威严气度，令人丝毫无法联想到吉娃娃这种狗原有的可爱形象。呼啊~~恰克大大地打了个呵欠，并动了动自己的嘴巴。
“喂，我说你们这群小鬼头……”
别在恰克项圈上的翻译机传出一阵低沉的声音，这是BEGATE视为玩具所发售的狗语翻译机。BEGATE透过公司所推出的众多玩具及游戏搜集玩家们实际使用及游玩的数据情报，再利用这些情报建造出巨大要塞﹒BEGATOPIA。BEGATE的创造者﹒大门军造自称为日本国王，其最终目的乃是企图建立一个全新的国家。就连这项玩具，也是为了测试是否能将猫狗之类的小动物训练成间谍而开发出来的实验道具。
听到恰克的声音，学徒兵们纷纷抬起无精打采的双眼。恰克用四只脚站起来，并摇了摇自己的尾巴。
“就算你们在这里想东想西，结果还是无济于事嘛！俗话说‘睡饱的孩子才长得大’，不是吗？如果没办法像静矢一样，该睡的时候好好睡上一觉，到时候遇到什么突发状况的话，你们可是会撑不下去喔。”
“就……就是因为担心遇到突发状况，我们才会无法入睡啊！区区一只小狗，哪能理解我们的担忧！”
有一名学徒兵因为听见一只小狗用上对下的规劝语气说出这番话，而感到十分生气，便语带哽咽地加以反驳。他是一名才差不多十岁大的少年，有着微胖身材加上一张可爱的脸蛋，不过看起来似乎很胆小，整个人一直抖个不停。恰克随即用鼻子哼了一声。
“你是谁啊？”
“我……我才不会将我的名字说给一只小狗知道！”
“这样啊，那我就当你是没有名字的权兵卫，以后就叫你权兵卫啰。”
恰克这番话，使少年顿感慌张失措。
“等……等一下！我有名有姓，我叫海江田航……！”
“了解，权兵卫。”
“不是啦！等……等等，现在不是争论这种小事的时候！我们可不能继续悠闲地待在这里，因为侵略军的进攻，已使BEGATOPIA全军覆没了啊！”
“用不着这么悲观啦，权兵卫。”
“我不是权兵卫啦！”
“我当然也知道在BEGATOPIA崩溃之后，我们也跟着变得一无所有。所以现在心奈才会外出寻找还能使用的机甲巨兵嘛