云海上，狂风呼啸。
「把哥哥还给我！」
少女那悲痛万分且杀气腾腾的声音，回响在云海当中。
张开黑色羽翼，身穿漆黑机甲衣的敌对少女——雅=修拉一边穿透云朵一边逃窜。她那对鲜红上吊的眼晴当中充满着恐惧神色，雪白的脸庞也变得十分僵硬。很整齐地修剪成香菇头的黑色长发，则像是表露出她心中的烦躁感一般，呈现出极为散乱的状态。
「不……不要过来啊，怪物！」
修拉的视线下方，也就是雪白色的云朵当中，隐约可见机甲巨兵的影子。这是一架身高将近十二公尺的人型战斗兵器……而坐在胸部驾驶舱当中进行操纵的南野心奈，不过是个年仅十四岁的少女而已。
修拉边飞边将护手甲指向下方，迫不得已地发射短针。然而躲藏于云朵之中的机甲巨兵，却靠着优越的减速性能躲过这一波攻击。不仅如此，机甲巨兵还乱无章法地发射雷射光线，展开强烈反击。
修拉没能完全避开由云朵当中发射出来的数道光束，机甲衣的其中一侧羽翼遭到光线击穿。
「呜……！」
「我要替哥哥报仇！」
在驾驶舱里面的心奈，任由复仇怒火在她那仍旧保有稚气的脸庞蔓延开来，市以目不暇给的速度敲打着控制仪表板上的键盘，随庀所欲地操纵着机甲巨兵。
在修拉视线下方的云层，宛如遭到分开的海面般突然凹陷下去。这是因为机甲巨兵以迅雷不及掩耳的速度在空中推进，导致机身周遭的牢气都被机甲巨兵的机体给吸了过去。机甲巨兵如同羽化后破茧而出的蝴蝶一般，自云朵当中现身，倏地冲至修拉面前。
「乖乖坠落吧！」
心奈发出尖锐怒吼的同时，机甲巨兵也祭出一记铁拳，迎面击中修拉。
「呜哇！」
这一击使修拉口吐鲜血﹒
鲜血因高空中的寒冷而瞬间冻结，发出有如红宝石般的光辉，同时往下方的云层掉落，
浮云流动，荒野承受着阵阵强风的吹拂。
心奈将刚刚被她击坠的修拉关进钢铁货柜当中，并在地面等待接应的到来。
「我一时失去理智，搞错燃料的分配量了……」
此时的机甲巨兵，已经耗尽所有燃料，连使用轮胎在大地之上奔驰这么点小事都办不到。
在这片放眼望去毫无任何东西存在的荒野当中，心奈让机甲巨兵坐在货柜旁边，并打开防风罩，让外界的风得以吹进驾驶舱里面。
座位旁边放着一个不锈钢制的水壶。心奈一边吹着还算清凉的风，一边将装在水壶里的热可可倒入防锈铝制成的马克杯当中。喝了一口之后，汗水及疲劳同时得到舒缓。
「为什么……事情会变成这样呢……」
在座位上将全身缩成三角形的心奈，一边眺望着眼前的荒芜大地，边用力抱住自己的双腿。此时，心奈再次回想起自从西元一○○六年至二○一五年之间，发生在日本的剧烈变化。
原本是她与大她两岁的青梅竹马少年﹒吴羽静矢感情融洽地嬉戏玩耍的幼年时期，但是三年前突然出现的十二名敌对少女，却使日本全国瞬间化为一片焦土。人们对她们执掬不休的攻击感到害怕﹒藉着四处逃窜而苟延残喘于断垣残壁之间平今。
曾经名列网路机器人格斗游戏排行榜前十名的心奈，被带至由该电玩游戏公司所建设而成的主题乐园「BEGATOPIA」，并被任命为机甲巨兵的驾驶员。任务为捕捉敌对少女，或是取得这群堪称无敌的少女身上所穿之「机甲衣」，即便只是碎片也可以。目的是为了针对机叩衣进行分析﹒再将所得情报运用于机甲巨兵之上，藉以创造出更强而有力的机甲巨兵。
来到BEGATOPIA，经过了两年多的时间之后，心奈总算得以与静矢重逢。不过他却因接下装设通讯天线的任务，而随即动身离开原本应该要在当天就回来覆命才对﹒不过他却就此一去不同。当时，东京上空出现了两名敌对少女……分别是碧=露夏娜及雅=修拉。或许静矢遭到她们两人痛下毒手，也可能能遇上了野盗的袭击。
只是……她不得不找个目标来发泄满腔怒气。此时，她也只能藉着复仇来填满她寂寞的心灵。
「回BEGATOPIA补充燃料之后……接下来我会再解决掉碧=露夏娜。哥哥，愿你在天之灵继续保佑我……」
心奈在热可可所胃出的雪白烟气另一端，看见了静矢那令人怀念的面容。那是一张虽然有点粗鲁且腼腆，不过却跟挺身保护年幼的心奈不受他人欺负的时候一样，充满着温柔笑容的脸。
……突然，她看见荒野的远方卷起漫天庞沙。
心奈顿时感到十分紧张。因为迎面而来的，竟是数量相当惊人的战中部队。
「又有战争了吗？……怎么可能，自卫队及美军基地不是早在三年前，就全都遭到敌对少女们摧毁殆尽了吗……」
心奈急忙关起驾驶舱的防风罩，咔哒咔哒地敲起键盘。
由驾驶舱内部观看，防风罩乃是一面全方位的币视萤幕，可透过镜头映照出外界的风景。心奈扩人尘沙区的景象，并为了消除尘沙所造成的杂讯，而开启红外线模式解析影像……首先浮现于画面当中的，乃是剧烈飘动的鲜艳星条旗，紧接着又有肃穆严谨地步行前进的五星红旗，后方则有勇壮又华丽的二色旗跟上，最后则是由严肃的联合国军旗压阵。
这些都是心奈在过去的和平时代当中，在学校上社会课时曾经看过的国旗。美国、中国、法国、英国﹒后面又有许多国家的国旗跟着出现……而挂着这些国旗的战车，为何行驶于日本大地之上，心奈根本无从得知。