古代种的遗迹——
神罗公司总务部调查课，通称塔克斯的主任茨奥受命的任务，就是抢先赛菲罗斯一步，获得称为黑秘石的魔石。然而就在即将到手的时候赛菲罗斯本人现身，让茨奥受到濒死的重伤。他不断失血，意识逐渐模糊。最后，当他有所觉悟自己就要葬身此地时，艾莉丝与她的同伴们出现了。她们也在追赶赛菲罗斯而刚刚来到遗迹。
监视古代种的后裔艾莉丝，伺机要求她协助公司，长久以来成了茨奥的日常业务。有时候，部下们会以粗暴的手段施加压力，不过基本上以神罗公司来说，算是很和平的作战了。过去想以暴力支配艾莉丝的亲生母亲，结果反而失去了她，对这件事的反省形成了本次作战的基本方针。 世界上仅有一位的古代种后裔，艾莉丝。茨奥觉得彷佛代表了公司黑暗面的自己不配靠近如此庄严的存在，每天只是暗中保护她。最先开口交谈的，是年纪尚小的艾莉丝。
「一直以来辛苦你了。」
茨奥怀疑自己听错了小女孩说的话。艾莉丝对沉默不语的茨奥继续说。
「你不是一直在保护我吗？」
考虑到任务的内容，或许应该将错就错让她继续误会下去。然而，茨奥诚实地告诉她真相。那是他人生当中最诚实的一刻了。
「我是神罗公司的茨奥。我有话想告诉你。」
「我讨厌神罗！」
目送着跑得老远的幼小背髟，茨奥感到安心觉得这样做是对的。他想即使有一天必须硬是将她带走，也绝不能欺骗她。
后来岁月流逝，不知道有过甚么前因后果，长大成人的艾莉丝与反神罗组织阿帕拉契产生接触让情况急转直下。未能掌握情况而内心动摇的茨奥，对艾莉丝采取了后来被部下取笑的假邪恶态度。每当部下提起这事茨奥就会想：
我不是假邪恶。对艾莉丝而言神罗就是邪恶。邪恶就要有邪恶的样子——。
结果，茨奥虽然觉得自己将死，还是选择以塔克斯的身分面对艾莉丝。
「妈的。自从艾莉丝离开身边我就一路倒霉。」
然而艾莉丝，却为了这样的茨奥而流泪。不只是一个敌人，而是把他当作从小认识的熟人。出乎意料的状况，让茨奥觉得死亡也不是件坏事，不过脱口而出的却是半开玩笑的讽刺。
「我还没死。」
艾莉丝离去后，茨奥静静地等死。但死亡迟迟不肯降临。即使觉得意识逐渐飘向远方，却不觉得精神即将与生命之流结合。
救了茨奥一命的是里夫。里夫以惊人能力操作的怪猫玩偶——坐在大莫古利上面——出现在他的眼前。派这个叫做猫妖的猫玩偶混入艾莉丝一行人当中摸清她们的动向，就是公司指派给里夫的任务。
「真是好险啊，茨奥先生。」
「黑秘石呢？」
「——」
没有回答。玩偶好像定格了一样不动。不过，过了片刻之后，
「抱歉。现在正在同时操作一号与二号——这有点难。」
「喔。」茨奥不能明白它的困难，不过他不想打扰里夫，只等对方的下一句话。
「黑秘石，总之先交给克劳德他们了。比赛菲罗斯好多了吧。」
克劳德。克劳德怎么会与一连串的事件牵扯甚深，是一个难解的谜团，但同时，他也觉得这是必然的。茨奥感觉到克劳德才是那把钥匙，不过无论他怎么思考，都无法预测这把钥匙究竟会开放甚么样的门。无论如何，为了阻止终极黑魔法陨石术的发动，黑秘石还是交由克劳德保管比较好。
「黑秘石交给克劳德——了解。」
「茨奥先生的事情——我会跟公司联络。」
「——好。」
「还有——我的间谍身分已经被揭穿了，不过我会继续与克劳德他们一起行动。他们这些人还满有趣的。我的意思是说他们很令人感兴趣。好了，我要搬动一下喽。」
原本还有几件事要问，但是被大莫古利抱起时的剧痛让茨奥晕了过去。茨奥对于之后的事只有片断的记忆。
茨奥被三个男人拾到船上。他们是以前的上司与部下。里夫为什么不是联络公司，而是这些人？
还有，这三个人是否一直持续取得联络？疑问接二连三地浮现脑海，但茨奥没有力气发问。一路上，几乎所有时间他都处于昏迷状态，最后他在一间狭小的房间里醒转。嗅闻到混合了生锈钢铁与海潮咸味的独特空气，他知道自己被运到朱诺。很快地出现了一名医生，开始正式进行治疗。
* *
在茨奥离开现场的期间艾莉丝死了，黑秘石从克劳德手中落入了赛菲罗斯之手。赛菲罗斯使用黑秘石，发动了终极黑魔法陨石术。
有人说距离陨石撞上星球毁灭一切还剩三天，也有人说七天。也许结果都没差，但人们还是忍不住多方揣测。
* *
米德加零号街。神罗大厦附近——
八号街日夜赶工搭盖的钢铁支柱上，安装了从朱诺空运来的炮台，完成了一座摇摇欲坠的巨大武器。这门被负责开发武器的史考莉命名为「蕾姊妹」的大炮，是对付赛菲罗斯的最终武器。「蕾姊妹」以专用管线连接到所有在米德加运转的魔晃炉，预定将会以巨大秘石提升魔晃能源的功率，朝沉睡在遥远北方大空洞里的赛菲罗斯射击，人们期盼它能如同字面上所示让敌人灰飞烟灭。他们认为只要赛菲罗斯消灭，飞在空中的陨石——赛菲罗斯利用黑秘石叫出的噩梦——也会一起消失。
一旦破坏星球的威